msigdbr暂时瓦特，但你有我

今天是生信星球陪你的第1052天

公众号里的文章大多数需要编程基础，如果因为代码看不懂，而跟不上正文的节奏，可以来找我学习，相当于给自己一个新手保护期。我的课程都是循环开课，点进去咨询微信，随时可以报名↓ 生信分析直播课程(每月初开一期) 生信新手保护学习小组长期报名中（每月一期） 单细胞陪伴学习小组（每月一期）

下载失败

当年前小小的我写过一篇推文，介绍这个包，且在我们的直播课中使用了这个包，介绍在：

GSEA和GSVA，再也不用去下载gmt文件咯

但是额， 如今它报错啦！

寻找原因

曾经它是好用的，但是最近搞到了zenodo上面，国内用户访问就。。。

是作者干的，我只是宣传过，这事儿可不是我干的。

哈哈，尽管你可能有一些奇怪的方法可以访问它，让他变成正常的：

但是呢可能并没有什么软用，还会是一样的报错。

解决办法

那怎么办呢？当然是用回老办法啦！就是下载gmt文件，放在工作目录下读取，提取子集来使用。

必应谷歌直接搜索：GSEA msigdb即可找到这个页面

点击其中任何一个灰色卡片，就可以跳到下载页面

下载之，用Y叔叔的函数读取之，然后就可以继续做gsea或者gsva啦！

ounter(lineounter(lineounter(lineounter(lineounter(lineounter(lineounter(lineounter(line
library(clusterProfiler)
geneset <- read.gmt("h.all.v2024.1.Hs.symbols.gmt")
geneset[1:4,]
#>                    term  gene
#> 1 HALLMARK_ADIPOGENESIS ABCA1
#> 2 HALLMARK_ADIPOGENESIS ABCB8
#> 3 HALLMARK_ADIPOGENESIS ACAA2
#> 4 HALLMARK_ADIPOGENESIS ACADL

注意msigdbr下载的数据和现在的数据的列名的区别哦！代码中如有涉及列名，需要改掉他哦！