小鼠细胞图谱

上期推荐了一个数据库：人类细胞图谱 - 单细胞数据和 Marker 信息，那这次我们来看一个小鼠细胞图谱数据库。

Mouse Cell Atlas

http://bis.zju.edu.cn/MCA/

截至目前，MAC (小鼠细胞图谱， Mouse Cell Atlas) 有四个版本的图谱数据：

MCA 1.0：分析了来自10余种小鼠组织的40多万个单细胞（每种组织一般有2-4个重复）。

MCA 1.1：全局视角下，完整的小鼠组织数据集被分为104个主要的细胞簇。

MCA 2.0（小鼠细胞分化图谱）：分析了来自10余种小鼠组织、7个生命阶段（E10.5、E12.5、E14.5、P0、P10、P21、成年）的52万余个单细胞，涵盖了从早期胚胎阶段到成熟成体阶段。在全局视角下，完整的数据集被分为95个主要细胞簇。

MCA 3.0（小鼠细胞发育与衰老图谱）：分析了约113万个单细胞，覆盖10余种小鼠组织、10个生命阶段（E10.5、E12.5、E14.5、新生儿、10天、3周、6~8周、12月、18月、24月），同样涵盖了从早期胚胎到成熟成体的全过程。在全局视角下，完整的数据集被分为177个主要细胞簇。

图谱 （Atlas）

以最新的 MCA 3.0 为例，可以全局查看，也可以根据需求选择相应的组织，Cluster，和基因。

比如我选择了 Lung，cluster1，TP53 基因，看网页右侧，就会有三个部分的聚类图出现，首先是 lung 组织对应的细胞类型都有哪些：

其次是关于 cluster1 的聚类图分布情况，请注意，这包含所有的 cluster1 细胞，并不是 Lung 组织独有的。

在 marker list 界面，对应 cluster1 也有相应的标志基因可供参考：

图库 (Gallery)

在图库中，可以下载单细胞数字基因表达（DGE）矩阵，并获取每个数据的细胞数量及样本来源信息。基于标记基因的聚类分析结果也共享在图库中。

以肌肉 (Muscle) 为例，有两个系列的数据：

在详情页中有数据的 t-SNE 图展示，亚群的 top markers, 在右上角的下载按钮中不仅下载了 DEG，还包含原始数据的表达矩阵。自己可以重新分析或者做一些个性化方案。

搜索 (Search)

包含两种搜索方式：组织搜索和图谱搜索。在组织搜索中，可在选定样本中搜索基因，将返回该基因表达柱状图。在图谱搜索中，可在完整 MCA 数据集中搜索基因，将返回该基因在前 20 种细胞类型、组织和发育阶段中的表达柱状图。

Run-scMAC

可以上传 RNA-seq 数据（单细胞 RNA-seq 数据或批量 RNA-seq 数据）的 DGE 矩阵，scMCA 将协助鉴定数据中的细胞类型。结果通过交互式热图和 CSV 格式表格展示。热图中，行代表定义的细胞类型，列代表待查询样本，色块颜色反映相关性强度。结果表格提供待鉴定样本与参考细胞类型之间的皮尔逊相关系数。

数据要求：

• 文件格式：（列间应以逗号或制表符分隔）
• 文件名：不得包含空格或其他特殊字符
• 基因 ID：仅限基因符号
• 原始计数 DGE 要求：行对应不同基因；列对应不同细胞

可以下载数据表格进一步查看：

Human Cell Landscape

偷偷告诉你，还有一个人类细胞景观数据库，使用方法一致。 http://bis.zju.edu.cn/HCL/