谁能说清楚特定的癌症易感基因突变频率呢

我看到了浙江大学医学院附属邵逸夫医院妇科与迪安诊断合作的研究成果，在国际期刊《BMC Cancer》（2024年IF=3.4）上发表。文章标题是:《Identifying the germline variation spectrum and predisposition genes in Chinese ovarian cancer using whole exome sequencing》里面提到的了特定的癌症易感基因突变频率，很有意思。

现在外显子的数据分析流程都是标准的，测序后的fastq文件比对到参考基因组然后gatk找变异即可。体现生信工作量的地方反而是海量的变异位点的注释和过滤，如何拿到可靠的致病基因突变情况。然后文章里面有下面的这个germline突变全景图，起初是让我感到困惑的:

germline突变全景图

92个患者首先分类是；

• 有26 例 （28.26%，26/92） 检测到经典 OC 易感基因的致病性或可能致病性变异
• 而 24 例 （26.09%，24/92） 经典 OC 易感基因中检测到 VUS 或仅在推定的易感基因中检测到所有变异
• 在 42 例 （45.65%，42/92） 中未检测到相关变异

这样的话，上面的突变全景图就删除了42个患者，仅仅是体现50个患者，所以得到了最有害突变是 BRCA1（35%， 17/50）、BRCA2（22%， 11/50），这两个癌症易感基因突变频率。这个就有点反常识啦。

携带癌症易感基因突变的人肯定是患癌概率高很多，毕竟是癌症易感基因的定义就是容易患癌啊！比如大名鼎鼎的BRCA1和BRCA2基因的突变人群：

携带 BRCA1和 BRCA2致病变异的个体 终生患卵巢癌的风险 会提高

携带癌症易感基因突变的人肯定是患癌概率高很多

但是人群发生频率其实很低

虽然说， 携带癌症易感基因突变的人肯定是患癌概率高很多，但是并不意味着人群里面的该基因的突变频率高。常规人群里面的携带BRCA1和BRCA2基因突变的不到1%啊！

在乳腺癌或者卵巢癌这样的患者群体

在特定人群会升高

但是， 哪怕是在乳腺癌或者卵巢癌这样的患者群体里面也不会高到30%这样的夸张比例：

所以，我们应该是看文章最后的结论，在Discussion 讨论部分的内容：92 例 OC 患者的 WES 分析，我们确定 BRCA1是突变最频繁的基因，检出率为 14.13%，其次是 BRCA2，为 8.7%。

这样的话，就合理一点。乳腺癌卵巢癌患者群体携带BRCA1和BRCA2基因突变在10%附近，是普通人的几十倍啦！

实际上大部分基因检测看到的应该是somatic突变

因为germline突变大多说的是家族性的癌症是可遗传的，占比很低， 15%以下。绝大部分人患癌是散发的，是生活方式环境因素造成的。这个时候找他们的germline突变就很难，需要找somatic的突变。比如tcga计划里面的乳腺癌队列里面的接近500个病人的突变全景图就是：

乳腺癌队列的somatic突变

可以看到，BRCA1和BRCA2基因的somatic突变并不会很高频率的。