一行代码转换h5ad为seurat：超简单

生信技能树

发布于 2025-07-29 10:33:30

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代码可运行

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前面我在写scanpy的h5ad转为R中的seurat对象时，写了这几个稿子：

万能的网友又给我支招了，这次给我推荐了一个我试过了后觉得超棒的方法：使用 schard 包进行转换，一行代码就可！

schard包安装

我们生信技能树每个月都有一期带领初学者，0基础的生信入门培训，会有各种贴心的答疑，甚至是新叶老师给你的一对一专属答疑，远程代码演示，快来：最新一期在8月4号，感兴趣的可以去看看呀：生信入门&数据挖掘线上直播课8月班。

包的网址：https://github.com/cellgeni/schard

首先安装一下，非常简单：

options(download.file.method = "libcurl")
options(url.method = "libcurl")
## 使用西湖大学的 Bioconductor镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.westlake.edu.cn/CRAN/"))
getOption('timeout')
options(timeout=10000)

# 安装
devtools::install_github("cellgeni/schard")

丝滑：

使用

先把示例数据下载下来：

或者用我上面开头的帖子中数据

library(schard)

download.file('https://datasets.cellxgene.cziscience.com/c5ac5c36-f60c-4680-8018-2d6cb65c0a37.h5ad','vis.heart.h5ad')
download.file('https://datasets.cellxgene.cziscience.com/8cc521c8-c4ff-4cba-a07b-cae67a9dcba9.h5ad','sn.heart.h5ad')
download.file('https://covid19.cog.sanger.ac.uk/baron16.processed.h5ad','ba16.h5ad')

转为Single Cell Experiment：

# load h5ad as Single Cell Experiment
ba16.sce = schard::h5ad2sce('ba16.h5ad')
ba16.sce

转为Seurat对象：

# load h5ad as Seurat
snhx = schard::h5ad2seurat('sn.heart.h5ad')
snhx
meta <- snhx@meta.data
head(snhx@meta.data)

DimPlot(snhx,group.by = "cell_state")

空转数据转为seurat：

# load all visium samples as single Seurat object
visx = schard::h5ad2seurat_spatial('vis.heart.h5ad')
visx
head(visx@meta.data)
# 可视化
SpatialDimPlot(visx,group.by = "cell_type",ncol = 2)

其他的用法：

# or load as list of Seurat objects (per slide
visl = schard::h5ad2seurat_spatial('vis.heart.h5ad',simplify = FALSE)
# or load raw counts
snhr = schard::h5ad2seurat('sn.heart.h5ad',use.raw = TRUE)
# raw counts for visium
visr = schard::h5ad2seurat_spatial('vis.heart.h5ad',use.raw = TRUE)

是不是超棒！

本文参与腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。

原始发表：2025-07-27，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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