如何获取韦恩图中的交集部分元素列表？

生信技能树

发布于 2025-07-20 09:59:52

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前几天画了专辑中没有的韦恩图，见：Science杂志同款：高颜值韦恩图绘制细节调整。又有一个人问：这个韦恩图里面现在只能看到数字，如何获取数字交集对应的基因或者分子等特征的列表呢？下面来看看~

插播：我们生信技能树每个月都有一期带领初学者，0基础的生信入门培训，会有各种贴心的答疑，最新一期在8月4号，感兴趣的可以去看看呀：生信入门&数据挖掘线上直播课8月班

我简单搜索了一下，有现成的两个包可以直接提取每一个交集部分的元素！

Vennerable包

这个包的功能非常强大，可以绘制各种稀奇古怪形状的韦恩图，地址：

https://github.com/js229/Vennerable/tree/master

他的示例教程在安装后使用 vignette("Venn")查看，只有这个途径看示例代码

## 使用西湖大学的 Bioconductor镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.westlake.edu.cn/CRAN/"))
library(devtools)
install_github("js229/Vennerable")
library(Vennerable)
vignette("Venn")

画两个集合的韦恩图并获取数据：

## 四个基因列表集合
data(StemCell)
str(StemCell)

# List of 4
# $ OCT4 : chr [1:623] "AASDH" "ABTB2" "ACCN4" "ACD" ...
# $ SOX2 : chr [1:1279] "182-FIP" "AASDH" "ABCA5" "ABCB10" ...
# $ NANOG: chr [1:1687] "13CDNA73" "AASDH" "ABCA5" "ABCB10" ...
# $ E2F4 : chr [1:1273] "76P" "7h3" "AAMP" "AATF" ...

Vstem4 <- Venn(StemCell,SetNames=names(StemCell))
Vstem4

Vstem3 <- Vstem4[, c("OCT4", "SOX2", "NANOG")]
Vstem3

# 两个韦恩图
Vstem2 <- Vstem4[, c("OCT4", "SOX2")]
Vstem2
# 画图
plot(Vstem2, doWeights = TRUE)

C2 <- compute.Venn(Vstem2, doWeights = TRUE)
set <- C2@IntersectionSets
str(set)
library(GSEAtopics)
set1 <- list_to_data_frame(set)
# 这样就得到了 每个集合的元素啦
# 两种格式任意选择：list与数据框
head(set1)

根据集合名字和数字很快就可以找到每个集合对应的元素列表：

00：两个交集的并集
10：OCT4特有
01：SOX2特有
11：两个交集共有

三个集合的

## 三个韦恩图
Vstem3 <- Vstem4[, c("OCT4", "SOX2", "NANOG")]
Vstem3
# 画图
plot(Vstem3, doWeights = TRUE)

C3 <- compute.Venn(Vstem3, doWeights = TRUE)
set <- C3@IntersectionSets
str(set)
library(GSEAtopics)
set1 <- list_to_data_frame(set)
# 这样就得到了 每个集合的元素啦
# 两种格式任意选择：list与数据框
head(set1)

四个集合的各位可以试试看！哈哈哈哈~

VennDiagram 包

这里就看看四个集合的吧：

#韦恩图（VennDiagram 包，适用样本数 2-5）
library(VennDiagram)
# 先绘图，四个的
p <- venn.diagram(StemCell, 
             filename = NULL, 
             fill = c("#ff7d82", "#9ad6e6","#c4dfa1","#b797cf"), 
             cat.col = c("#ff7d82", "#9ad6e6","#c4dfa1","#b797cf"),   # 设置类别标签的颜色
             imagetype = 'png', 
             alpha = 0.50, 
             cat.cex = 1.8, 
             cat.fontfamily = 'serif',
             cex = 1.5, 
             fontfamily = 'serif')
grid.newpage()
grid.draw(p)

# 获取交集
inter <- get.venn.partitions(StemCell)
head(inter)
inter$..values..[[1]]
inter$..set..[[1]]

set <- inter$..values..
names(set) <- inter$..set..
str(set)

library(GSEAtopics)
set1 <- list_to_data_frame(set)
# 这样就得到了 每个集合的元素啦
# 3种格式任意选择：list与数据框
head(set1)