孟德尔随机化—解决提取IEU数据库中提取不到数据的情况

孟德尔随机化—解决提取IEU数据库中提取不到数据的情况

最近在做孟德尔随机化的分析工作，需要从ieu数据库中提取gwas数据，如"ieu-b-40"，但是一直报错，如

“Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : argument is of length zero”

> exposure_bmi <- extract_instruments(
+   outcomes = "ieu-b-40"
+ )
Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : argument is of length zero

为了解决这个bug，又是科学上网有是其他，折腾了良久，最后在官网中找到了对应的解决办法

https://mrcieu.github.io/ieugwasr/articles/guide.html，简而言之，是OpenGWAS 从 2024 年 5 月起强制要求用户认证，所有 API 请求都必须携带认证令牌（JWT token），否则请求会返回 404 或其他错误。

这里记录下如何一步步申请token，并配置，基本上3分组解决战斗。

1. 登录注册https://api.opengwas.io/profile/，注册好了会自动跳转这个页面

1. 点击“Generate a token”，就会出现token，记得复制保存好，因为只会出现一次

#Token 例
eyJhbGciOiJSUzI1NiIsImtpZCI6ImFwaS1qd3QiLCJ0eXAiOiJKV1QifQ.eyJpc3MiOiJhcGkub3Blbmd3YXMuaW8iLCJhdWQiOiJhcGkub3Blbmd3YXMuaW8iLCJzdW	...

1. 打开Rstudio，File --- New File --- R Script，文件命名“.Renviron” （一定注意把后缀删除）

OPENGWAS_JWT=你的token字符串

1. 最后，重启Rstudio，或者Restart Session即可，会发现已经可以正常从IEU数据库中导入数据了（如果还是失败，注意下Rstudio是不是自动给.Renviron加了后缀）