做拟时序的你，苦igraph已久了吧

之前已经写过一篇：igraph更新，让monocle报错了。

时间已过半年，他们还是没有解决这个问题。受苦最多的应该是我吧！我的学生搞不定就会问我呀！他们就不能更新一下让我少费口舌吗！唉~他们不更，让我来吧。

方法一：装旧版本的igraph(windows)

虽然解决办法就是一句代码但是操作起来还是有很多细节。现在给大家一个更细节的教程！

1.打开一个新的Rstudio窗口，避免igraph和monocle已经加载影响安装。

2.删除新版本的包，右下角搜索，点❌删除

3.检查是否已有rtools

pkgbuild::find_rtools()

如果没有对应版本的rtools，是这样的提示：

WARNING: Rtools is required to build R packages, but no version of Rtools compatible with R 4.5.0 was found. (Only the following incompatible version(s) of Rtools were found: 4.4.6414)

Please download and install Rtools 4.5 from https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/.

就是要去安装正确版本的rtools。提供西湖大学的rtools下载地址

https://mirrors.westlake.edu.cn/CRAN/bin/windows/Rtools/rtools45/files/rtools45-6608-6492.exe

安装完后，代码返回结果会变：

pkgbuild::find_rtools()
## [1] TRUE

install.packages("https://mirrors.westlake.edu.cn/CRAN/src/contrib/Archive/igraph/igraph_2.0.3.tar.gz",repos = NULL,type = "source")

理论上可以顺利安装。

如果是mac的话不需要检查rtools，是要从CRAN上下载安装3个软件，见：

如果你的mac装包很困难，那就试试...

方法二：编译不成，就拿现成的吧(windows)

方法一里，如果有了正确rtools，还是报错，可能是一些非常细节的不兼容问题。不用去解决了，可以用我已经编译好的包。

注意：这个方法不适用于所有的包，有一些会出现不兼容，碰巧这个包没有不兼容才能这样做。另外，我提供的包是windows编译的，只有windows才可以复制我的，mac和linux都不行哦。

使用方法是：

1.运行代码，查看R包安装路径

.libPaths()

返回结果类似这个，看自己的，不要抄我的。

2.把解压后的文件夹放在安装路径里

打开第一个路径的文件夹，把我提供的igraph.zip解压，解压得到的igraph文件夹复制到上面的路径。

3.重启Rstudio，检查版本

packageVersion("igraph")
## [1] ‘2.0.3’

说明已经搞定。如果报错说明上述操作有错误，仔细检查下。

方法三：放弃安装旧版本，用我改写过的monocle(不分操作系统)

我们要安装旧版本的igraph，是因为旧版本的“nei”函数在新版本中写为了“.nei”，所以我找到了monocle的源码包，把他函数源代码里的nei全部替换成了.nei，这样就不需要装旧版本了。

这个方法适用于任何系统，windows mac linux都可以。

新包的装法是：

把我提供的monocle.zip放在工作目录下，运行：

devtools::install_local("monocle.zip",upgrade = F)

即可安装。注意，这个方法不需要旧版本igraph，直接install.packages装igraph即可，省掉无数麻烦。