R tips：如何折叠DotPlot的细胞标注

生信菜鸟团

发布于 2025-07-08 17:36:09

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Seurat绘制细胞的marker DotPlot时，如果细胞名称过长或者相应细胞的marker gene太少则可能会导致细胞名称显示不全，看如下实例，以Seurat自带的pbmc_small数据集为例，寻找其差异表达gene作为绘制Dotplot的marker gene。

library(Seurat) 
library(tidyverse) 
all_markers <- 
  pbmc_small %>% 
FindAllMarkers(group.by="RNA_snn_res.0.8") 
marker_gene <- 
  all_markers %>% 
  group_by(cluster)%>% 
  dplyr::filter( 
    p_val <0.05, 
    pct.1- pct.2>0.2 
)%>% 
  slice_max(avg_log2FC, n =5)%>% 
  dplyr::select(cluster, gene)%>% 
  deframe() 
marker_gene 
# 0        0        0        0        0        1        1        1        1        1  
# "GZMM"   "GNLY"   "PRF1"   "GZMA"   "CTSW" "S100A8"   "CD14" "S100A9"   "FPR1"  "ASGR1"

根据差异基因的类别，指定0是cytotoxic T lymphocyte，1是myeloid cells，并绘制DotPlot：

names(marker_gene)<- 
  marker_gene %>% 
  names()%>% 
  fct_recode( 
"cytotoxic T lymphocyte"='0', 
"myeloid cells"='1' 
) 
p <- 
DotPlot( 
    pbmc_small, 
group.by="RNA_snn_res.0.8", 
    features = marker_gene 
) 
 p

理论上讲，这个图调宽是可以避开显示不全的问题的，但是实际场景中，这个图不可能无限加宽，不然比例失调。本例中每个细胞是5个marker基因，但是实际绘图是有可能只展示一个marker基因的，这个时候遮挡几乎是必然发生的事情，而肆意加宽图片往往都是很受限制的行为。

为了模拟效果，这里设置了一个较为窄的宽度，可以看到cell label的折叠状态：

可以发现上图有两个问题：x轴文字遮挡和上面的细胞label遮挡。x轴遮挡好解决，只需要加上Seurat的RotatedAxis即可。

p2 <- p +RotatedAxis()
p2

如果需要修改cell label遮挡的问题，可以使用ggtext包的element_markdown格式，它可以渲染markdown语法和部分html标记。因此可以选择在特定位置将字符替换为html的换行符即可。

有两个策略，直接修改marker_gene的名称，重新绘图，这个操作比较简单，不再赘述。第二方法是可以修改DotPlot返回的ggplot对象的data slot，如下所示：

p3 <- p2 
p3$data$feature.groups  <- 
  p3$data$feature.groups %>% 
  str_wrap(width =20)%>% 
  str_replace_all("\\n","<br/>") 
p3 <- p3 + 
  theme( 
    strip.text = ggtext::element_textbox_simple(halign =0.5), 
) 
p3

str_wrap函数可以定义在多少字符的位置换行，而且str_wrap还可以只在空格位置换行，上述代码是选择第20位字符附近的空格处换行，由于str_wrap是补充了一个换行符，因此str_replace_all再将其转换为html换行符br即可，效果如下：