自己做的单细胞注释与文献对比：注释信息完全对不上？（数据下载篇）

天来学习一个单细胞的数据分析，是曾老板发布在群里的第11个写作任务啦：

【写作任务11】，注释信息完全对不上？数据：2022-OEP003500-胃癌-Cachexia

这个数据对应的文献于2022年11月15号发表在Cell Discov. 杂志（IF=13.0/Q1）上，标题为《Single-cell sequencing unveils key contributions of immune cell populations in cancer-associated adipose wasting》。下面这个图是文献中的单细胞注释结果：

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这个是曾老板目前做的结果与文献中的结果对比：竖着的列是老板的注释结果，横着的行是文献中的注释结果，看起来就是完全没对上啊！

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我本身对很多东西都具有强烈的好奇心和求知欲，撸起袖子就开干，下面就来一探究竟！（很多结果眼睛看着是一回事，但是动手实际分析起来你会发现另外一番天地！！！所以，不要只做一个看客呀！）

数据背景

首先，了解一下样本数据情况。

本研究利用单细胞转录组学技术，对患有或未患有癌症相关恶病质（CAC）的患者白色脂肪组织基质血管部分的细胞进行了全面分析。研究发现，在患有CAC的脂肪组织中，脂肪祖细胞、巨噬细胞和CD8+ T细胞出现了明显的促炎转变，并且这些细胞之间的相互作用网络发生了显著改变，表明它们在促进组织炎症方面存在协同作用。激活的CD8+ T细胞在恶病质患者的脂肪组织中增加了IFNG表达，并在体外对脂肪细胞产生了显著的分解代谢效应。而巨噬细胞的耗竭在CAC动物模型中减轻了脂肪分解代谢和恶病质症状。这些发现揭示了CAC中慢性炎症和脂肪消耗的潜在机制，为未来治疗CAC提供了新的靶点和思路。

本研究从8名胃癌患者（4名非恶病质患者和4名恶病质患者）的皮下脂肪和内脏脂肪样本中获取了单细胞RNA测序数据：

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数据下载

因为这个数据上传到了一个我没接触过的数据库：https://www.biosino.org，简单探索一番，比较简单的下载方法如下。

参考说明：https://www.biosino.org/node/help

step1：安装好FileZilla

打开 FileZilla ，输入信息页面如下：

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step2：输入各种信息

主机：sftp://fms.biosino.org

用户名：注册账号的邮箱，我这里是 492482942@qq.com

密码：注册账号的密码，我这里是XXXXXX（当然不能给你看用XX表示哈哈哈哈）

端口：44398

本地站点：放一个自己本地下载数据的路径

远程站点：

数据下载地址：https://www.biosino.org/node/project/detail/OEP003500

进来后发现可以下载fq文件，但是数据太大了不走上游分析，翻到页面最下面：

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点击这个页面：https://www.biosino.org/node/analysis/detail/OEZ00009070

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点击上面的蓝色按钮，终于得到了这个ftp地址：/Public/byAnalysis/OEZ00/OEZ0000/OEZ000090/OEZ00009070

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填到 FileZilla 页面中的远程站点：

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这样鼠标右键选择下载：

这样就全部下载好啦：