方法更新---亚细胞分辨率空间转录组学的单细胞划分

作者，Evil Genius

现在已经有了多个亚细胞精度的空间平台，例如10X HD、Stereo-seq、Slide-seq等，虽然大多数还是采用bin模式的分析方法，但我们更希望有细胞分割的方法来实现单细胞级别的空间分析。

关于10X官方推出的HD细胞分割的方法，需要btf文件和专门的分析软件（Stardist）。

但是国内没有btf。

那么很多人就转向了bin2cell，但是实际效果有待进一步确认。

关于Stereo-seq，华大也推出了细胞分割的方法，目前看到了一篇文章是这么做的，分享文章在文献分享---人动脉粥样硬化斑块中三级淋巴样器官结构的单细胞空间转录组学研究（Stereo-seq）

不过以上方法都是基于核分割，并不是我们想要的效果。

今日参考文献，实现亚细胞精度空间转录组的核扩展分割。

知识积累

现有的方法通常将SRT数据网格化为预定义的正方形，这对于准确捕捉细胞边界是不现实的。

整合亚细胞SRT数据和细胞核染色图像来实现单细胞分割。

STP概述

果蝇数据的运用（当然了，都说自己的方法最好）

STP优化小鼠胚胎的组织识别和组织

代码也很简单

from STP_utils import *
import scanpy as sc
import os

adata_path = './example/example.h5ad'
img_path = './example/example.tiff'
save_path = './example_result/'
adata = sc.read_h5ad(adata_path)
img = cv2.imread(img_path)
os.makedirs(save_path,exist_ok=True)

STP(adata,img,save_path)

生活很好，有你更好。