AutoDockTools-1.5.7 使用日志

1.下载后第二天打不开 如图

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2.1.蛋白质准备（Receptor preparation）

由于蛋白晶体具有配体、水分子，需要先去除。去除的方法：用记事本打开pdb文件，直接删掉配体以及水分子即可

PDB（Protein Data Bank）文件是一种用来存储蛋白质和核酸三维结构信息的文件格式。它就像一张蛋白质的“地图”，记录了蛋白质中每个原子的位置、氨基酸的排列顺序等信息，是研究蛋白质结构和功能的重要工具。

SSBOND部分

• SSBOND 1 CYS A 152 CYS A 181
  • 这句话表示蛋白质中有一个二硫键（SS bond）。二硫键是一种共价键，通常在两个半胱氨酸（CYS）残基之间形成。这里的“CYS A 152”和“CYS A 181”表示这个二硫键连接的是链A上第152个半胱氨酸和第181个半胱氨酸。
• SSBOND 2 CYS A 153 CYS A 167
  • 同样的，这表示链A上第153个半胱氨酸和第167个半胱氨酸之间也有一个二硫键。

ATOM部分

这部分是文件的核心内容，记录了蛋白质中每个原子的详细信息。每一行代表一个原子，我来解释一下每一列的含义：

• 列1（原子序号）：从1开始编号，表示这是第几个原子。例如，“ATOM 1”表示这是文件中记录的第一个原子。
• 列2（原子名称）：表示原子的名称。例如，“N”表示氮原子，“CA”表示α碳原子（是氨基酸的主链原子之一），“CB”表示β碳原子（是氨基酸侧链的第一个碳原子）。
• 列3（氨基酸残基名称）：表示这个原子所属的氨基酸。例如，“MET”表示甲硫氨酸（Methionine），“PRO”表示脯氨酸（Proline），“VAL”表示缬氨酸（Valine）。
• 列4（链标识符）：表示这个原子所属的蛋白质链。这里都是“A”，说明这些原子都属于链A。蛋白质可以有多条链，用不同的字母标识。
• 列5（残基序号）：表示这个原子所属的氨基酸在链中的位置。例如，“1”表示这是链A的第一个氨基酸，“2”表示第二个氨基酸，以此类推。
• 列6-8（X、Y、Z坐标）：表示这个原子在三维空间中的位置，单位是埃。例如，“31.823 75.246 31.566”表示第一个原子（氮原子）在X方向上的坐标是31.823埃，在Y方向上是75.246埃，在Z方向上是31.566埃。
• 列9（占据率）：通常为1.00，表示这个原子在该位置的占据率是100%，也就是说这个原子确实存在于这个位置。
• 列10（温度因子）：表示原子的热振动幅度。数值越大，表示原子振动越剧烈。例如，“95.47”表示第一个原子的温度因子是95.47。
• 列11（元素符号）：表示原子的元素类型。例如，“N”表示氮，“C”表示碳，“O”表示氧，“S”表示硫。

得到去除配体和结晶水的蛋白质放到工作路径后，采用ADFR Suite中的prepare_receptor的命令对蛋白质进行加氢。

Downloads – ADFR

使用AutoDockTools生成pdbqt文件也是一样的，比如我们将蛋白文件导入至AutoDockTools中（File -> Read Molecule）；

蛋白质:去水、加全氢、导出为PDBQT(设置为受体)

然后在菜单栏点击“Edit -> Hydrogens -> Add-”为蛋白分子加氢；

Grid--Macro --choose

小分子:加全氢、设置为配体(自动分布电荷)、检测扭转键、选择扭转键、导出为PDBQT

pdbqt准备完毕

盒子

看不到CD0801配体