patchwork拼图对不齐怎么办？

生信技能树

发布于 2025-04-27 05:14:03

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代码可运行

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下面来看看最近一位学员遇到的问题，他是一个绘图的问题：

起初我以为就是个简单的拼图呢，然后设置一下图片拼接的高度和宽度就可以了！

学员把他的结果发过来我才发现不是这样的！

下面来看看吧~

拼图问题重现

拿到学员发来的数据和代码（已获得学员准许图片打码发公众号），拼图方式如下：

# install.packages("magick")
library(magick)
library(pdftools)
library(cowplot)
library(ggplot2)
library(patchwork)

pdf_convert("barplot1.pdf", format = "png", pages = 1, dpi = 300)
pdf_convert("barplot.pdf", format = "png", pages = 1, dpi = 300)
img1 <- image_read("barplot1_1.png")
p1 <- ggdraw() + draw_image(img1)
p1
class(p1)

pdf_convert("vioplot1.pdf", format = "png", pages = 1, dpi = 300)
pdf_convert("vioplot.pdf", format = "png", pages = 1, dpi = 300)
img3 <- image_read("vioplot1_1.png")
p3 <- ggdraw() + draw_image(img3)
p3

p <- p1 / p3 
p

结果如下：

完美重现了学员的问题！

一开始我想不明白这两个图为啥要用已经生成好的pdf转成png然后读取进来再拼图呢？

详细询问看了其他的代码才知道，这两个图都是基础函数绘制保存pdf，难怪呢！走了弯路呀！

解决方案

我尝试解决的过程中，尝试了不少的参数，尤其是 patchwork 拼图的时候的height, width, 以及转为ggplot2后的theme主题发现都没有什么用，

后面发现第一个问题是图片在窗口里面显示的时候不对齐，但是只要保存出去，在文件里面看效果不一样：

ggsave(file="tset.pdf", width = 6.7,height = 8)

接下来我又看了看这个代码的其他参数，然后调整如下：

draw_image 这个函数里面的 scale = 1,width = 1.08, halign=0 是关键，

scale：图片缩放，大于1就会具有放大镜的效果
width = 1.08：图片横向拉伸和压缩的效果
halign：图片读取进来靠水平左边对齐
ggsave：这个函数的width, height 调整到一个合适的比例

img1 <- image_read("barplot1_1.png")
p1 <- ggdraw() + draw_image(img1,scale = 1,width = 1.08,halign=0)
p1 <- ggplotify::as.ggplot(p1)

img3 <- image_read("vioplot1_1.png")
p3 <- ggdraw() + draw_image(img3,width = 0.95,halign=0)
p3 <- ggplotify::as.ggplot(p3) 

p <- wrap_plots(p1, p3, ncol = 1, heights  = c(1,1)) +  # 两行一列
  plot_annotation(tag_levels = 'A')
ggsave(file="tset.pdf", width = 6.7,height = 8)