玩转服务器-配置SeuratV4环境

生信菜鸟团

发布于 2025-04-02 10:18:02

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对于共享服务器我们一直提供三种使用方式：

ssh 登录（Shell）
Rstudio-server （R语言）
Jupyterhub（Python）

Rstudio-server应该是使用的用户最多的。但是对于不了解服务器的新用户来说，可能对远程服务器的Rstudio-server该如何使用比较迷惑。对于其登录、使用注意事项前面我们也有过介绍

玩转服务器—共享服务器登录指北 ，介绍了Rstudio-server的登录与退出
玩转服务器—数据上传与下载，介绍了本机文件如何与远程服务器交互
玩转服务器—共享服务器R包调用与安装 ，介绍了我们提供的公共R包库以及R包安装
玩转服务器—难道我的Rstudio-server有自己的想法？ , Rstudio使用小技巧

Rstudio-server 使用建议

1. 使用project管理自己的项目【重中之重！！！再怎么多次强调也不为过】

在使用Rstudio时，每开启一个项目，新建project 来管理。

打开New Project的两种方式

创建Project ：

File —> New Project —> New Directory —>New Project —>Create Project

创建Project

都写这么清楚了，求求各位用户老爷，不要直接在家目录下就开始我行我素了，新建一个project再开始项目好不好 🥺

2. 正确退出

Rstudio在退出的时候不要保存.RData。也最好不要直接关闭网页，否则有可能导致以后登陆Rstudio-server报错。

在退出之前把该保存的脚本保存好，然后清理掉变量（扫帚），点击退出（窗口右上角）,不保存.RData，最后关闭网页即可。

退出步骤

不保存整个项目的RData

3. 长时间运行的任务，提交后台运行，就不要使用交互界面了。

不知道登录的时候大家有没有注意到Rstudio-server的提醒？如果5个小时没有交互，就退出登录了。【这已经是我们宽限的设置了，默认设置是60分钟】，如果你的程序超过5个小时的运行时间，就建议你写成R脚本，提交后台运行。

登录提示

共享服务器用户默认调用Seurat V5

使用Rstudio-sever的用户，大部分都会用到单细胞Seurat流程，服务器公共R包库提供的Seurat版本是V5

##查看R包库默认路径
.libPaths()

##查看已安装Seurat版本及路径
installed.packages()["Seurat", c("Package", "Version", "LibPath")]

检查默认版本

在共享服务器部署Seurat V4 环境

虽然Seurat V5已经是2023年11月发布的更新，但是仍有部分用户，使用Seurat V4 版本的代码，会需要用到Seurat V4 版本的R包。公共R包库为了满足绝大部分用户的需求，肯定是Seurat V5版本不能动，所以这里演示一下，用户如何自己在共享服务器部署Seurat V4环境。

1、准备工作，修改默认R包库设置

建议自己创建一个R包库目录来专门存放 Seurat V4 及其依赖R包

#检查目录是否存在
file.exists("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/") 
#查看目录下有哪些文件
dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/")
#创建一个新的目录
dir.create("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/seuratV4")

#修改库目录设置，`.Rprofile` 
file.edit("~/.Rprofile")

#将自定义目录写入`.Rprofile`文件
.libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/seuratV4', 
   '/usr/local/lib/R/library'))

##检查修改后的路径设置
.libPaths()

创建新目录

临时

修改R包库设置

2、安装Seurat V4

先正常安装Seurat，会默认安装V5版本及Seurat相关依赖包

#配置Seurat V4

#检查路径设置
.libPaths()

#正常安装
install.packages("SeuratObject")
install.packages("Seurat")

##安装后检查
library(Seurat)
installed.packages()["Seurat", c("Package", "Version", "LibPath")]
installed.packages()["SeuratObject", c("Package", "Version", "LibPath")]

然后卸载Seurat 、SeuratObject 的v5版本，卸载之后最好在Rsession选项重启一下Rstudio

##卸载V5版本
remove.packages(c("Seurat","SeuratObject"))

#安装Seurat V4
install.packages('SeuratObject',repos=c('https://satijalab.r-universe.dev'))
install.packages('Seurat',repos = c('https://satijalab.r-universe.dev'))

#安装后检查
library(Seurat)
library(SeuratObject)
installed.packages()["Seurat", c("Package", "Version", "LibPath")]
installed.packages()["SeuratObject", c("Package", "Version", "LibPath")]

成功安装SeuratObject

安装 Seurat V4 可能会遇到报错。根据报错信息，缺少什么依赖就安装什么即可。

install.packages("leiden")
install.packages('Seurat',repos = c('https://satijalab.r-universe.dev'))

报错信息

安装缺少的依赖包后，再次执行安装命令，即可成功安装。

安装后检查

3、指定版本加载

后续，如果想继续使用公共库目录，恢复.Rprofile 为默认设置即可。

#在后续使用的时候
##指定版本加载：
##V4版
SeuratV4_lib <- c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/seuratV4', 
                  '/usr/local/lib/R/library') 
.libPaths(SeuratV4_lib)
.libPaths()
library(SeuratObject)
library(Seurat)

##V5版
SeuratV5_lib <- c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4',
                  '/refdir/Rlib',
                  '/usr/local/lib/R/library')
.libPaths(SeuratV5_lib)
library(SeuratObject)
library(Seurat)