【官宣】PDBbind数据库2024版蛋白-配体复合物精选集已上线

近日，PDBbind数据库2024版蛋白-配体复合物精选集已在PDBbind+网络平台（http://www.pdbbind-plus.org.cn/）正式发布。作为药物设计领域广受欢迎的权威数据库，PDBbind不仅系统收录了Protein Data Bank中各类复合物的亲合性实验数据，还特别提供了极具价值的蛋白-配体复合物精选集（refined set）。该精选集通过对PDBbind中所有蛋白-小分子配体复合物进行严格筛选，剔除存在三维结构问题、亲和性数据异常或其他质量缺陷的复合物，最终保留各方面品质优良的复合物。事实上PDBbind中所有蛋白-小分子配体复合物仅有约四分之一的蛋白-小分子配体复合物能够入选精选集，充分体现了该数据集的高质量标准。PDBbind精选集为分子对接、亲合性预测等研究提供了更为可靠的数据基础，被领域中众多国内外研究者采用。

PDBbind数据库2024版精选集依然提供两种选项：（1）“标准精选集”，当前包含5777个蛋白-配体复合物；②“拓展精选集”，包含标准精选集中的5777个复合物以及1307个额外的复合物。额外的1307个复合物满足与标准精选集相同的各项质量标准，唯一不同是它们是由含金属的蛋白形成的复合物。标准精选集和拓展精选集的设置可以更灵活地满足不同用户的需求。

图1：（A）PDBbind 2024版中包含27000多个已知亲合性实验数据的蛋白-小分子配体复合物，从中挑选出7084个复合物纳入精选集；（B）含金属蛋白形成的复合物示例 (PDB编号6WBQ)：小分子配体Tubastatin A与含锌蛋白HDAC10相结合。

图2：PDBbind+网站的下载页面：其中更新了PDBbind 2024版的索引文件，并新增了蛋白-配体复合物精选集数据包供下载。

已订购PDBbind 2024版的用户可通过PDBbind+网站的DOWNLOAD页面获取精选集数据包，其中包含了“拓展精选集”中全部7084个复合物经过处理的结构文件（图2）。此外，用户还需下载更新后的索引文件包，其中涵盖了标准精选集和拓展精选集的索引列表。需要特别说明的是：由于精选集本质上是PDBbind数据集的一个子集，若用户已下载过完整的PDBbind 2024版数据包，则原则上无需重复下载该精选集数据包。用户只需根据更新后的索引文件，从中挑选出精选集所包含的复合物即可。

PDBbind+ 团队

2025-03-23