Xenium、CosMx等技术流程篇

作者，Evil Genius

忙了一天，现在得空给大家分享一些Xenium、CosMx分析的整理。

首先第一步，Xenium基础分析,一般就采用squidpy即可。

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标准化的高精度空间（HD、Stereo-seq、Xenium等）平台基础分析

Xenium课程分析前奏

参考文章高精度空间转录组平台分析框架（python版本)

高精度空间转录组分析之squidpy和空间网络图

10X空间转录组Visium && HD && Xenium分析全更新

当然也少不了整合分析

关于10X HD和Xenium数据整合分析以及HD解卷积RCTD的运用

空转分析框架---空间数据分析的标准方法

脚本更新---Xenium整合分析以及邻域细胞比例空间图

第二步，大学需要学习图像细胞分割

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基于image-based的空间转录组的细胞分割技术

ISS空间转录组的细胞分割算法汇总(stardist、cellpose、QuPath、SCS)

Xenium In Situ数据的质量评估及优化方案（试用版）

课前准备---HD数据结合图像识别获取真实的空间单细胞级数据

知识积累---空间数据结合图像分割实现单细胞级解卷积分析

第三步，注释完的空间数据网络图谱

空间转录组网络图的分步绘制(Xenium)

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课前准备----细胞“communities”

第四步、niche分析

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参考文章空间转录组多样本niche的比较分析（Visium & Xenium & HD）

空间转录组cell niche（流程试用版）

最后一课准备----Xenium生态位与微环境分析

个性化分析（原位）---空间转录组微环境（邻域）细胞聚类 + 突变信息

流程升级---通过生态位差异分析确定细胞状态转变的外在驱动因素

方法更新---identify differentially-enriched cellular niches（MIBI-TOF,CODEX, IMC,Xenium）

脚本更新---高精度平台的细胞niche分析

第五步，细胞类型的空间位置关系

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流程升级---量化分析细胞类型的空间关系（高精度平台）

方法分享----高精度空间组学数据中识别和表征细胞生态位

第六步，细胞邻域，包括邻域差异分析

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细胞邻域分析

流程升级---解剖细胞邻域（CN）组织的iTME（高精度空间平台、Stereo-seq、HD）

流程升级----高精度空间平台的细胞邻域分析（固定范围）

流程升级---空间邻域聚类分析与分层分析（高精度平台，Stereo-seq、HD、Xenium、CosMx）

脚本更新----空间邻域差异分析（高精度平台，Xenium、CosMx、CODEX、图像分割Stereo-seq、HD）

脚本更新----细胞的空间临近性分析

脚本更新---空间转录组分析三种（多种）细胞类型的空间位置变化

脚本更新----Xenium、CODEX、CosMx范围邻域矩阵的获得与亚群分析

内容复习---空间邻域差异分析（高精度平台和低精度平台）

第七步，时空通讯

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高精度空间平台（Stereo-seq、Xenium、HD）的时空通讯动态

流程更新----空间细胞聚类及配受体共现分析（针对visium、bin模式的Stereo-seq、以及HD）

脚本更新---高精度平台banksy聚类、细胞邻域、临界通讯

流程升级---单细胞 + 空间数据推断空间尺度的配(受体)靶基因活性

第八步，空间轨迹

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课前准备---空间细胞轨迹

课前准备---空间轨迹

空间转录组数据分析之空间轨迹（Spatial tendency）

最后还有一些Xenium、CosMx、CODEX的参考文献

基于RNA杂交原位测序的肾损伤和修复的高分辨率空间分析

单细胞、Visium、HD、Xenium表征结直肠癌肿瘤微环境中的免疫细胞群

文献分享---肿瘤微环境的空间解析基因表达谱揭示肺腺癌发展的关键步骤（scRNA + visium + xenium）

顶刊分享----组织驻留记忆CD8 T细胞多样性具有时空印记（HD + cellpose + Xenium）

文献分享---空间转录组学鉴定与肺纤维化远端肺重构相关的分子生态位失调（Xenium + HD）

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