单细胞数据集中常见marker基因汇总_2024版

生信菜鸟团

发布于 2025-03-03 21:40:41

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写在开头

说过好多次要汇总在分析单细胞数据时候用到的marker基因，因为不同组织中还是有些特异的marker基因的！

新年伊始决定改一下拖延的坏毛病，所以被朋友教育之后，决定从整理marker基因开始！慢慢改掉拖延的坏毛病，说过的事情就要着手去实行！

主要是去年分享的全部数据代码以及推文已经整理好了，收尾工作就是marker基因合集的整理，是真的不能再拖了！

关于去年直播分享的系列数据集可见——#单细胞实战

所有的marker基因基于文献以及个人经验进行简单的汇总，不作为任何参考标准！

24年直播分享数据中常用marker基因集

常用的marker基因

这是基于曾老师整理好的代码中check-all-marker，摘录了一下我常用的一些marker基因

T Cells (CD3D, CD3E, CD8A,PTPRC,CD4,CD2), 
B cells (CD19, CD79A, MS4A1 [CD20]), 
Plasma cells (IGHG1, MZB1, SDC1, CD79A), 
Monocytes and macrophages (CD68, CD163, CD14),
NK Cells (FGFBP2, FCG3RA, CX3CR1),
Fibroblasts (FGF7, MME,GSN,LUM,DCN), 
Endothelial cells (PECAM1, VWF). 
epi or tumor (EPCAM, KRT19, PROM1, ALDH1A1, CD24).
immune (CD45+,PTPRC),
epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM), 
stromal (CD10+,MME,fibo or CD31+,PECAM1,endo) 
Mast(CPA3, CST3, KIT, TPSAB1, TPSB2, MS4A2)

#髓系
macrophages (Adgre1, Cd14, and Fcgr3,LYZ,CD68,CD163),
cDCs (Xcr1, Flt3, Ccr7,CD1E),
pDCs (Siglech, Clec10a,  Clec12a,CLEC4C), 
monocytes (Ly6c2 , Spn,CD300E), 
neutrophils (Csf3r, S100a8, and Cxcl3),

神经元相关marker基因

GSE212199_中枢神经系统免疫细胞

文献解读推文：中枢神经系统免疫细胞的单细胞RNA转录组分析
数据分析代码结果推文：GSE212199分析与Figure1部分复现

对应相关的marker基因：

astrocytes = c("AQP4", "ADGRV1", "GPC5", "RYR3") 
endothelial = c("CLDN5", "ABCB1", "EBF1") 
excitatory = c("CAMK2A", "CBLN2", "LDB2") 
inhibitory = c("GAD1", "LHFPL3", "PCDH15") 
microglia = c("C3", "LRMDA", "DOCK8") 
oligodendrocytes = c("MBP", "PLP1", "ST18") 
OPC='Tnr,Igsf21,Neu4,Gpr17'
Ependymal='Cfap126,Fam183b,Tmem212,pifo,Tekt1,Dnah12'
pericyte=c(  'DCN', 'LUM',  'GSN' ,'FGF7','MME', 'ACTA2','RGS5')

因为是神经元相关的marker基因，所以类似的还有：

GSE161045—人类纹状体胶质细胞

文献解读推文：人类纹状体胶质细胞在AD和PD特异性神经变性的差异
数据分析代码结果推文：GSE161045—人类纹状体胶质细胞在AD和PD中的作用

GSE184370-瘫痪后恢复行走能力的神经元

文献解读推文：瘫痪后恢复行走能力的神经元研究
数据分析代码结果推文：GSE184370第一层次降维聚类分群

GSE136001-脑瘤小鼠模型

文献解读推文：胶质母细胞瘤相关免疫细胞功能异质性探究
数据分析代码结果推文：GSE136001-脑瘤小鼠模型

GSE162610-小鼠脊髓损伤——文章有提供对应的marker基因集，可作为参考

小鼠肝脏

GSE185042—小鼠肝脏组织

文献解读推文：神经调节蛋白4通过抑制肿瘤易发的肝脏微环境抑制NASH-HCC的发展
数据分析代码结果推文：GSE185042—小鼠肝脏组织第一层次细分亚群

对应相关的marker基因：

Kupffer = c("CD163", "CD206", "F4/80", "CD68") 
endothelial = c("CLDN5", "ABCB1", "EBF1","CD31","VWF") 
macrophage = c('Adgre1', 'Cd14',  'Fcgr3')
Cholangiocyte = c("CK7", "CK19", "SOX9","EpCAM","FYXD2","TM4SF4","ANXA4") 
Hepatocyte = c("ALB", "AFP", "CYP2E1","HNF4A","ASGR1","APOC3","FABP1"," APOA1") 
Dividing='Ki-67,PCNA,MCM2,AURKA'
PlasmaB='CD138,CD19,CD20,CD27,CD38,IRF4'
Hepatic_stellate=c(  'GFAP', 'PDGFRβ',"ACTA2","COL1A1")
cDCs=c('Xcr1', 'Flt3',  'Ccr7')
pDCs=c('Siglech', 'Clec10a',  'Clec12a')

人类心脏

GSE214611—心肌梗死心脏

文献解读推文：心肌梗死心脏的单细胞和空间转录组学分析
数据分析代码结果推文：GSE214611—心肌梗死心脏单细胞分析

对应相关的marker基因：

Macrophages = c("APOC1","HLA-DRB5","C1QA","C1QB")
CM=c("TTN","MYH7","MYH6","TNNT2") #心肌细胞
endothelial=c("VWF", "IFI27", "PECAM1","MGP")
Fibroblast=c("DCN", "GSN" ,"LUM","FBLN1","COL1A2")
SMC=c("ACTA2", "CALD1", "MYH11","Myo1b","RGS5')
monocytes=c('Ly6c2' , 'Spn')
neutrophils=c('Csf3r', 'S100a8',  'Cxcl3')

胃癌

GSE163558——胃癌器官特异性转移

这篇文章比较特别，是咱们单细胞文献月更分享的第一篇文章，有详细的数据分析及代码，如果需要的话可以联系客服小助手进群交流。——承包你2025全部的单细胞转录组降维聚类分群

对应相关的marker基因：

genes_to_check = c('EPCAM','KRT19','CLDN4',  #上皮
                   'PECAM1' , 'CLO1A2', 'VWF',  #基质
                   'CD3D', 'CD3E', 'CD8A', 'CD4','CD2', #T
                   'CDH5', 'PECAM1', 'VWF',  #内皮
                   'LUM' , 'FGF7', 'MME',  #成纤维
                   'AIF1', 'C1QC','C1QB','LYZ',  #巨噬
                   'MKI67', 'STMN1', 'PCNA',  #增殖
                   'CPA3' ,'CST3', 'KIT', 'TPSAB1','TPSB2',#肥大
                   'GOS2', 'S100A9','S100A8','CXCL8', #中性粒细胞
                   'KLRD1', 'GNLY', 'KLRF1','AREG', 'XCL2','HSPA6', #NK
                   'MS4A1','CD19', 'CD79A','IGHG1','MZB1', 'SDC1',  #B
                   'CSF1R', 'CSF3R', 'CD68') #髓系

肝细胞癌

GSE242889-肝细胞癌微血管侵袭

对应相关的marker基因：

last_markers = c('PTPRC', 'CD3D', 'CD3E', 'CD4','CD8A',
                   'CD19', 'CD79A', 'MS4A1' ,
                   'IGHG1', 'MZB1', 'SDC1',
                   'CD68', 'CD163', 'CD14', 
                   'TPSAB1' , 'TPSB2',  # mast cells,
                   'RCVRN','FPR1' , 'ITGAM' ,
                   'C1QA',  'C1QB',  # mac
                   'S100A9', 'S100A8', 'MMP19',# monocyte
                   'FCGR3A',
                   'LAMP3', 'IDO1','IDO2',## DC3 
                   'CD1E','CD1C', # DC2
                   'KLRB1','NCR1', # NK 
                   'FGF7','MME', 'ACTA2', ## human  fibo 
                 'GJB2', 'RGS5',
                   'DCN', 'LUM',  'GSN' , ## mouse PDAC fibo 
                   'MKI67' , 'TOP2A', 
                   'PECAM1', 'VWF',  ## endo 
                 "PLVAP",'PROX1','ACKR1','CA4','HEY1',
                   'EPCAM' , 'KRT19','KRT7', # epi 
                   'FYXD2', 'TM4SF4', 'ANXA4',# cholangiocytes
                   'APOC3', 'FABP1',  'APOA1',  # hepatocytes
                   'Serpina1c',
                   'PROM1', 'ALDH1A1' )