玩转服务器—共享服务器之QIIME2安装

生信菜鸟团

发布于 2025-02-19 22:12:23

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滴水穿石非一日之功

QIIME2

Qiime 2（Quantitative Insights Into Microbial Ecology 2）是一个用于微生物组分析的开源生物信息学工具，广泛应用于微生物生态学研究。它由美国科罗拉多大学博尔德分校的Rob Knight实验室开发，旨在提供从原始测序数据到生物学解释的完整分析流程。

官网：https://qiime2.org/

安装

用户反馈在共享服务器安装QIIME2遇到问题，这里根据共享服务器网络环境进行一个简单的安装演示：

安装参考：https://docs.qiime2.org/2024.10/install/

Qiime2有多种安装方式，这里我们还是推荐采用conda环境安装，首先在官网安装界面下载所需的 yml文件【https://docs.qiime2.org/2024.10/install/native/】。

官网安装信息

wget -c https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.10-py310-linux-conda.yml

##如果服务器下载失败，可以直接在浏览器下载后上传到服务器；或者在浏览器打开链接，复制yml文件内容放到共享服务器

然后根据我们共享服务器的内网镜像信息「参考：玩转服务器-从卡顿到秒装，Conda焕新极速体验」，修改yml文件中对应的镜像信息。比如：

1、检查conda的镜像设置

$cat ~/.condarc 
channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - http://10.10.11.66:8181/pkgs/main
  - http://10.10.11.66:8181/pkgs/r
  - http://10.10.11.66:8181/cloud/conda-forge
  - http://10.10.11.66:8181/cloud/bioconda
  - http://10.10.11.66:8181/pkgs/free
custom_channels:
  prtorch: http://10.10.11.66:8181/cloud
  Paddle: http://10.10.11.66:8181/cloud
  qiime2: http://10.10.11.66:8181/cloud

勘误：关于默认.condarc 文件中 custom_channels 的设置，我们默认设置有一点需要修正，如图。【这一点如果没有修改，平时使用default_channels不影响conda使用，只有在类似qiime2安装，这种用到 custom_channels 的时候才会有路径报错的问题】

检查Conda镜像设置

2、按需修改qiime2安装镜像

如果不修改qiime2安装的yml文件的 channels 设置，大概率安装的时候会是网络报错。

镜像设置前后对比

channels:
- https://packages.qiime2.org/qiime2/2024.10/amplicon/released
- http://10.10.11.66:8181/cloud/conda-forge
- http://10.10.11.66:8181/cloud/bioconda

3、运行安装代码（创建conda环境并安装）

conda env create -n qiime2-amplicon-2024.10 --file ./qiime2-amplicon-2024.10-py310-linux-conda.yml

安装成功

如何是安装旧版本

比如要安装2023.5版本：https://docs.qiime2.org/2023.5/install/native/

旧版本安装

需要注意的是对于2023.9版本之前的可能需要另外添加一个参数，见：https://forum.qiime2.org/t/recommendations-for-installing-older-versions-of-qiime-2/28956

--solver=classic 参数是在使用 conda 时，指定使用经典的求解器（solver）。

conda 有两个求解器，分别是经典求解器和新求解器（libmamba）:

经典求解器：这是 conda 的旧版本求解器，通常运行较慢，但在某些情况下，可能会提供更好的兼容性，尤其是对于一些复杂的依赖问题。经典求解器可以处理一些包依赖冲突的方式与新求解器不同。
新求解器（libmamba）：这是 conda 新引入的求解器，它比经典求解器更快速，但有时在处理特定依赖问题时可能会出现兼容性问题。

同理，还是先下载yml文件，修改对应的镜像信息。

wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2023.5-py38-linux-conda.yml

##安装
conda env create -n qiime2-2023.5  --solver=classic --file ~/path/qiime2-2023.5-py38-linux-conda.yml

如果使用默认channels安装，报错如下：

Retrieving notices: done
Collecting package metadata (repodata.json): failed

UnavailableInvalidChannel: HTTP 404 NOT FOUND for channel qiime2/label/r2023.5 <http://10.10.11.66:8181/cloud/qiime2/label/r2023.5>

The channel is not accessible or is invalid.

You will need to adjust your conda configuration to proceed.
Use `conda config --show channels` to view your configuration's current state,
and use `conda config --show-sources` to view config file locations.

修改channels设置

你可以修改为：

修改yml文件

检查依赖关系后，发现有一些未找到：

我们去检查镜像网站看一下，可以发现，报错原因是镜像中旧版本同步不全，就像北大的镜像也只有2023.5.0的版本

这里根据报错信息，逐一修改yml中文件对应的版本信息，然后再次安装

conda env create -n qiime2-2023.5  --solver=classic --file ~/biosoft/qiime2-2023.5-py38-linux-conda.yml

创建成功

安装成功

可能的报错

如果网速不稳定，某一个依赖安装有报错，可以先单独安装，然后再尝试按yml文件更新整个环境。

conda activate qiime2-2023.5
conda install bioconductor-genomeinfodbdata=1.2.9

##更新conda环境
conda env update  --solver=classic  --file ~/biosoft/qiime2-2023.5-py38-linux-conda.yml --prune

或者你可以更换北大、清华等不同的镜像源重新尝试安装。

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原始发表：2025-02-18，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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