如何进行无需比对的转录组定量分析

前面给大家介绍了四款基于比对的转录组定量工具RSEM、StringTie和FeatureCounts和HTSeq ，今天，我们一起学习了解无需比对的转录组定量工具 —— Kallisto 。

Kallisto 是一款快速且高效的转录组定量软件，它打破了传统转录组定量分析依赖测序 reads 与参考基因组比对的模式。Kallisto 利用伪比对（pseudo - alignment）技术，直接将测序 reads 定位到转录本上，从而快速准确地估算转录本的丰度，实现转录组定量分析。

功能特点

超快的分析速度：传统的基于比对的转录组定量方法，需要将大量的测序 reads 与庞大的参考基因组进行比对，这个过程往往非常耗时。而 Kallisto 的伪比对技术跳过了复杂的基因组比对步骤，极大地缩短了分析时间。在处理大规模的 RNA - Seq 数据时，Kallisto 能在短时间内完成定量分析，大大提高了科研效率。

低内存需求：由于不需要进行全面的基因组比对，Kallisto 在运行过程中对内存的需求较低。这对于一些硬件条件有限的实验室来说，是一个极大的优势。即使是在普通的计算机设备上，也能流畅地运行 Kallisto 进行转录组分析。

高准确性：尽管采用了不同的技术路线，Kallisto 在定量准确性上并不逊色于传统方法。它通过独特的算法，充分考虑了测序数据的各种特征，能够准确地估算转录本的表达水平。无论是高表达基因还是低表达基因，Kallisto 都能给出可靠的定量结果。

适用于多样本分析：Kallisto 特别适合对多个样本进行转录组定量分析。它可以快速地处理大量样本数据，并能有效地进行样本间的比较分析，帮助研究人员发现不同样本之间基因表达的差异。

总结

Kallisto 作为一款不需要比对的转录组定量分析工具，以其超快的分析速度、低内存需求、高准确性和适用于多样本分析等显著优势。在Galaxy 生信云平台（usegalaxy.cn）上，你无需在本地安装复杂的软件和配置环境，只需按照平台简洁明了的操作界面提示，上传 RNA - Seq 数据，选择 Kallisto 工具，即可轻松启动转录组定量分析流程。