Day3

linux软件安装

目录

第一步，了解conda--“linux的应用商店”

第二步，下载conda

第三步，安装conda

第四步，配置conda镜像

第五步，使用miniconda 查看已安装的软件 安装软件，以fastqc为例

第六步（选修），用小环境管理不同项目所需的软件

< 引自小洁忘了怎么分身>

conda--“linux的应用商店”

Miniconda 生信日常使用，小而精。

第二步，下载conda

1. 位置

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

你会看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本

=》安装64位最新版本（latest）

=》右键-复制下载链接

2.下载安装conda的脚本

下载到服务器上

cd biosoft登陆服务器，用cd命令进入biosoft目录

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#### 3，安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

按q跳过中间版权信息, 按q不动的地方按回车，看到问问题，就回答一个yes。

“Thank you for installing Miniconda3 ！”说明安装成功

激活才能用

source ~/.bashrc #激活conda的代码,注意空格
conda #出现满屏的信息说明成功了

第四步，配置conda镜像

# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

第五步，使用conda

1. 查看当前服务器上安装的所有软件

conda list

1. 安装软件

conda install fastqc -y 
#-y是yes，安装过程中conda问的问题全部回答yes

默认安装最新版本，但是有的软件新版本有bug，可能需要用到老版本，要指定版本号

conda install fastqc=0.11.7 -y

1. 确认fastqc软件是否安装成功

输入fastqc --help，出现了帮助文档，表明安装成功。

第六步，选修 创建conda环境

1. 先查看当前conda有哪些环境 conda info --envs #(前面带*的就是当前激活的)
2. conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3. conda info --envs
4. 激活新的conda环境 conda activate rna-seq
5. 退出环境 conda deactivate