细菌血清分型——sistr和Seqsero2预测

沙门氏菌是常见食源性病原体，多存在于动物肠道，可经污染食物或水致人胃肠炎、伤寒、败血症等疾病，其抗原结构复杂，已知血清型超2600种，部分可致人类疾病。沙门氏菌耐药性渐趋严重，对多种抗生素耐药，耐药基因传播积累使治疗变难。不同地区和血清型中其耐药基因携带有差异且数量种类不断增加。研究其耐药基因必要且迫切，有助于防控、保障安全、改进治疗与监测预防。

沙门氏菌血清分型在常规监测、病原学检测及菌株溯源中有着重要作用，具有重要的公共卫生学意义。传统沙门氏菌血清分型依靠血清抗原凝集反应，这种方法速度慢且准确度欠佳。然而，一旦获取WGS基因序列，就能够运用sistr_cmd或Seqsero2等生物信息学软件开展基因注释工作，进而完成血清分型。今天我们就一起来学习这2款常用的沙门氏菌血清型鉴定软件。

sistr_cmd

sistr_cmd是一个用于沙门氏菌全基因组序列组装的血清型预测工具。它通过使用BLAST确定抗原基因和cgMLST基因等位基因，从而预测沙门氏菌的血清型。此外，Mash MinHash也可用于血清型预测。这个工具在食品安全和公共卫生领域尤为重要，因为它能够快速准确地识别沙门氏菌的血清型，帮助我们更好地进行疾病监测和爆发分析。

功能特点

1. 1. 血清型预测：通过分析抗原基因和cgMLST基因等位基因，sistr_cmd能够预测沙门氏菌的血清型。这包括O抗原、H1抗原、H2抗原和cgMLST类型。
2. 2. 多方法综合：sistr_cmd结合了多种方法，包括基因血清分型（genoserotyping）、多点序列分型（MLST）、核糖体MLST（rMLST）和核心基因组MLST（cgMLST），以提高预测的准确性和可靠性。
3. 3. 用户友好的输出：sistr_cmd生成的报告包括样本名称、质量控制状态、血清型预测结果、cgMLST330分析结果等，非常直观易懂。
4. 4. 支持多种输入格式：sistr_cmd可以处理多种输入格式，包括FASTA和FASTQ文件，方便用户根据不同的数据类型进行分析。

SeqSero2

SeqSero2是一个用于沙门氏菌血清型预测的管道，可以从原始测序reads或基因组组装中预测沙门氏菌的血清型。SeqSero2有三种工作流程，其中默认的工作流程是等位基因微组装。

功能特点

1. 1. 血清型预测：SeqSero2能够从原始测序reads或基因组组装中预测沙门氏菌的血清型，提供详细的血清型信息。
2. 2. 多种工作流程：SeqSero2提供了三种工作流程，包括等位基因微组装（默认）、基因组组装和直接从reads预测，用户可以根据不同的数据类型和需求选择合适的工作流程。
3. 3. 用户友好的输出：SeqSero2生成的报告包括血清型预测结果、等位基因信息等，非常直观易懂。
4. 4. 支持多种输入格式：SeqSero2可以处理多种输入格式，包括FASTQ和FASTA文件，方便用户根据不同的数据类型进行分析。

总结

sistr_cmd和SeqSero2都是强大的沙门氏菌血清型预测工具，SeqSero2在速度上有优势，但sistr_cmd在准确性等方面也有自己的特点。在实际应用中，我们通常会同时使用sistr_cmd与SeqSero2，这样可以提高沙门氏菌血清型预测的准确性、可靠性和全面性，同时简化操作流程，特别适合于流行病学研究和公共卫生监测。而在Glaxy云平台（网址：usegalaxy.cn）上，利用sistr_cmd和SeqSero2进行沙门氏菌的血清型预测非常简单，你只需要上传你的数据，选择合适的工具，设置参数，然后提交任务即可。

sistr_cmd

SeqSero2