TCGA样本barcode详细介绍

在什么时候需要详细了解TCGA样本barcode含义呢？比如如何将 TCGA数据库中基因表达矩阵与样本临床数据进行合并，来了解一下样本barcode ID的构成吧。

TCGA样本barcode组成

TCGA样本ID主要由以下几部分组成，详细见官网链接：https://docs.gdc.cancer.gov/Encyclopedia/pages/TCGA_Barcode/

不同部分的含义如下：

1、TSS

TSS：Tissue source site，组织来源机构编码，这里的2表示来自安德森癌症中心的胶质母细胞瘤（脑肿瘤）样本，TSS编号对应的组织部分可参考：https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/tissue-source-site-codes

2、Participant

Participant：Study participant，研究参与者，0001表示 来自安德森癌症中心的第一位胶质母细胞瘤研究参与者

3、Sample

Sample：Sample type，样本类型，1表示实体瘤，肿瘤类型（Tumor types）编号从01到09，正常组织类型（Normal types）编号从10到19，对照样本（Control samples）编号从20到29。请查看编码表报告以获取完整的样本代码列表：https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes。

sample-type-codes

4、Vial

Vial：Order of sample in a sequence of samples

5、Portion

Portion：Order of portion in a sequence of 100 - 120 mg sample portions，样本的一部分，一份组织一般会分割为100-120mg一份。

6、Plate

Plate：Order of plate in a sequence of 96-well plates，在一系列96孔板中的顺序，4个字母表示，值大表示制板越晚

7、Analyte

Analyte：Molecular type of analyte for analysis，分子类型，D表示为DNA样本，不同的分子类型如下：

https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/portion-analyte-codes

关联

上面不同部分组成的barcode关联如下：

完成一份样本的编码过程如下：

上面图片的底部：你就可以看到，一个病人，可能取到多个样本，封装到不同的容器vial中，一个容器中的样本会被分成100-120mg的不同的分装portion，然后提取不同的分子类型如DNA、RNA等，点到不同的96孔板中，送到不同的测序中心进行测序，得到不同的组学数据或者相同组学数据。

其他barcode就很好理解了

什么用药信息barcode，检查barcode，手术barcode，化疗barcode等