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Run test.R file on server (在服务器上跑R代码)

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JJJJack

发布于 2025-01-04 02:01:13

发布于 2025-01-04 02:01:13

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文章被收录于专栏：生物信息学_troubleshooting生物信息学_troubleshooting

最近在处理单细胞测序的数据，对电脑性能要求高，所以探索了一下在服务器上跑代码。

Run test.R file in biowulf server.

Step1: Allocate an interactive session for interactive R work. Note that R sessions are not allowed on the login node nor helix.

[user@biowulf]$ sinteractive --gres=lscratch:5
[user@biowulf]$ module load R/4.4.2

Step2: Create test01032025.R file in the /data/$user/script/Rscript folder.

显示文件内容

Step3: Run test01032025.R file, and check the output file.

运行R文件

查看运行之后的输出结果

Step4: Transfer .RData file into local PC/iMac for visualization purpose.

原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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#单细胞数据分析

#在服务器上跑R代码

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Run test.R file in biowulf server.
- Step1: Allocate an interactive session for interactive R work. Note that R sessions are not allowed on the login node nor helix.
- Step2: Create test01032025.R file in the /data/$user/script/Rscript folder.
- Step3: Run test01032025.R file, and check the output file.
- Step4: Transfer .RData file into local PC/iMac for visualization purpose.