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基因组之全局互作热图可视化

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数据科学工厂
发布2024-12-30 10:54:27
发布2024-12-30 10:54:27
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文章被收录于专栏:数据科学(冷冻工厂)

引言

PlotHiC 是一个专为 Hi-C 数据可视化分析而设计的 Python 包。Hi-C 技术是一种能够检测染色体三维结构的实验方法,它能揭示 DNA 在细胞核内的三维组织结构。为了更好地展示和解释这些复杂的数据,PlotHiC[1] 可以帮助用户方便地绘制Hi-C 数据的热图。

  • 优势
    • 仅使用.hic文件,无需merged_nodups.txt,仅5秒即可出图
    • 可自定义染色体名称
    • 无需assembly文件
  • 更新
    • 如果有新的需求或者问题请 Open Issues

安装

需要提前安装好 python>3.10

代码语言:javascript
复制
# pip install 
pip install plothic

使用

输入文件

  1. .hic : 该文件来自3d-dna,您需要选择最终的hic文件(已进行错误调整并确定染色体边界)。
  2. chr.txt : 该文件用于在热图标记染色体的边界线和名称。第一列是染色体的名称,第二列是染色体的长度(这个长度是Juicebox中hi件的长度,可以从Juicebox手动确定)。
代码语言:javascript
复制
# name length
Chr1 24800000
Chr2 44380000
Chr3 63338000
Chr4 81187000
Chr5 97650000

示例

代码语言:javascript
复制
plothic -hic test.hic -chr chr.txt -r 100000

# -hic > .hic file 
# -chr > chromosome length (in .hic file)
# -r > resolution to visualization

  • 输出结果

Reference

[1]

Source: https://github.com/Jwindler/PlotHiC

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2024-11-18,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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