基因组之全局互作热图可视化

引言

PlotHiC 是一个专为 Hi-C 数据可视化分析而设计的 Python 包。Hi-C 技术是一种能够检测染色体三维结构的实验方法，它能揭示 DNA 在细胞核内的三维组织结构。为了更好地展示和解释这些复杂的数据，PlotHiC[1] 可以帮助用户方便地绘制Hi-C 数据的热图。

• 优势
  • 仅使用.hic文件，无需merged_nodups.txt，仅5秒即可出图
  • 可自定义染色体名称
  • 无需assembly文件
• 更新
  • 如果有新的需求或者问题请 Open Issues

安装

需要提前安装好 python>3.10

# pip install 
pip install plothic

使用

输入文件

1. .hic : 该文件来自3d-dna，您需要选择最终的hic文件（已进行错误调整并确定染色体边界）。
2. chr.txt : 该文件用于在热图标记染色体的边界线和名称。第一列是染色体的名称，第二列是染色体的长度（这个长度是Juicebox中hi件的长度，可以从Juicebox手动确定）。

# name length
Chr1 24800000
Chr2 44380000
Chr3 63338000
Chr4 81187000
Chr5 97650000

示例

plothic -hic test.hic -chr chr.txt -r 100000

# -hic > .hic file 
# -chr > chromosome length (in .hic file)
# -r > resolution to visualization

• 输出结果

Reference

[1]

Source: https://github.com/Jwindler/PlotHiC