R包版本管理利器：renv使用初探

写在开头

之前在整理scCustomize助力轻松优化FeaturePlot可视化推文的时候，绘制密度图时，因为要用到Nebulosa包

Nebulosa包依赖的ggplot2版本是3.4.4以下的，而R语言版本更新之后，我安装的都是3.5.1的ggplot2

最开始粗暴的解决方法就是：卸载掉高版本的ggplot2，然后从CRAN上将3.4.4的ggplot2下载到本地导入

但是因为seurat等包依赖的是3.5.1的ggplot2，所以在写完推文之后，我又把低版本卸载了。这样就很麻烦，就是两个版本卸载来安装去的！

所以试试看使用renv创建需要的虚拟环境，去管理低版本的R包。

安装和初始化 renv

安装和加载renv

install.packages("renv")
library(renv)

初始化 renv 环境

在指定的R 项目的工作目录中初始化 renv，从而为该项目创建一个独立的虚拟环境，记录并锁定项目所需的包及其版本。

renv::init()

• 创建一个 renv 子目录，在该目录中保存包和虚拟环境。
• 在项目目录下创建 renv.lock 文件，用于记录当前项目中使用的包及其版本。
• 配置项目使用一个独立的库（包管理环境），避免使用系统全局的 R 包。

等你确定创建之后，就会拷贝全部的R包到环境中

创建完成的结果

会在当前目录创建一个新的虚拟环境，并且会生成一个 renv.lock 文件来记录当前项目中使用的所有包及其版本。

安装需要版本的R包

很有意思的安装代码，直接在后面@需要的版本hhh，然后确实就可以安装需要版本的ggplot2

renv::install("ggplot2@3.4.4")

但是因为拷贝R包的时候，将3.5.1版本的ggplot2复制过来了，所以需要先卸载3.5.1的ggplot2，重新创建虚拟环境，然后安装3.4.4的ggplot2

（因为不太熟练不清楚是否可以不复制特定的包，所以就是先卸载掉然后创建好虚拟环境后直接安装3.4.4，后续在正常环境下直接安装ggplot2就是高版本的）

renv::install("ggplot2@3.4.4")

renv 会自动安装并锁定该版本，然后更新 renv.lock 文件以反映该版本的信息。

正常运行密度图

library(Nebulosa)
library(scCustomize)
library(ggplot2)
packageVersion("ggplot2")

Plot_Density_Joint_Only(seurat_object = pbmc, 
                        features = c("CD3D", "CD3E","CD4"),
                        custom_palette = BlueAndRed())

在小环境中安装好3.4.4版本的ggplot2之后，就可以正常调用Nebulosa去绘制多基因密度图

关于renv

既然已经用到了renv的虚拟环境，那咱们还是需要对其有个基本的了解

已经介绍了安装renv、创建虚拟环境以及安装指定版本的R包，那接下来了解一下别的基本命令

激活项目的虚拟环境

当我们退出或者关闭当前的Rstudio工作目录，重新打开时，如果需要使用虚拟环境，就需要先激活一下

renv::activate()

恢复或同步包环境

如果在团队合作中或在不同设备上工作，并且需要确保你使用的 R 包与项目中锁定的版本一致，可以使用 renv::restore() 来恢复环境。

renv::restore()

这个我还没用过，因为没有换设备hhh，有需要的可以试试

切换包版本

• 通过renv::remove() 卸载包，然后使用renv::install()安装所需版本。
• 查看和管理环境：使用renv::status()和renv::installed()来查看和管理当前环境中的包。

退出虚拟环境

renv::deactivate()

停用当前的虚拟环境，恢复到全局的 R 包库中。项目中的 renv 环境会被关闭，所有的包操作将会使用全局安装的包，而不再使用项目专用的虚拟环境。

有点类似与linux里面使用conda创建小环境的感觉了

通过运行renv::deactivate()，你可以退出当前的 renv 虚拟环境，回到全局 R 环境。如果以后需要重新启用该环境，只需使用renv::activate()。

不过就是每次进入或者退出，都会默认重新启动一下Rsession

重复运行renv::init()的选项

当我们创建并进入到虚拟环境中，但是你又重新运行一遍renv::init()，就会出现一些选项，让你确认是否需要重新创建一个虚拟环境

这些选项分别为：

• Restore the project from the lockfile：恢复锁定文件中的包版本。
• Discard the lockfile and re-initialize the project：丢弃现有的 renv.lock 文件，重新初始化项目并创建新的环境。
• Activate the project without snapshotting or installing any packages：激活当前环境，但不进行任何包安装或更新。
• Abort project initialization：取消当前初始化操作。