都2025年了，谁还不会下一代测序（NGS）数据质控（二）

群里有新朋友对NGS测序数据的质控还不熟悉，从今天开始我们就介绍几款常用的质控工具。总的来说，质控工具可以分为两类：可以自动识别测序接头的，和不可以自动识别接头的。昨天我们介绍了fastp，今天接着再介绍一款能够自动识别接头的：Trim Galore。

什么是Trim Galore？

Trim Galore是一款开源的、基于命令行的工具，主要用于对测序数据（主要是FastQ格式的文件）进行自动化的接头去除和低质量碱基过滤。它结合了Cutadapt和FastQC两款工具的功能，既可以去除测序接头，也能进行质量控制。这款工具适用于高通量测序数据的预处理，特别是Illumina平台的双端和单端测序数据，以及RRBS（Reduced Representation Bisulfite-Seq）等特定类型的测序数据。

Trim Galore的功能特点

1. 1. 自动去除接头序列：Trim Galore可以检测并自动去除Illumina等平台上的接头序列，避免接头污染影响分析。这不仅能提高后续分析的准确性，还能减少计算资源的浪费。它通过比较序列的前12-13bp来自动检测adapter，如果没有匹配，你还可以手动指定adapter序列。
2. 2. 质量控制修剪：在测序过程中，末端的碱基质量往往会下降，Trim Galore可以基于用户设定的质量阈值修剪掉低质量碱基，确保数据更加可靠。
3. 3. 配对端数据处理：对于配对端测序（paired-end），Trim Galore可以同时处理两个文件，确保配对端数据的一致性。
4. 4. 甲基化数据专用模式：Trim Galore还为处理甲基化测序数据（如Bisulfite-Seq）提供了专用模式，确保修剪时不会误删与甲基化相关的重要序列。
5. 5. 支持多种数据类型：不管是单端还是配对端测序数据，Trim Galore都能轻松处理，灵活性强。

总结

Trim Galore是一款功能强大的测序数据清理工具，特别是在去除接头和修剪低质量碱基方面表现出色，能够帮助你提高数据分析的精度和可靠性。如果你数据量大，硬件条件受限或者觉得命令行操作有些复杂，不用担心！Galaxy生信云平台（usegalaxy.cn）提供了一个简单易用的图形界面来运行Trim Galore。