富集的物种不是人咋整啊

用户11414625

发布于 2024-12-20 16:35:12

6300

代码可运行

文章被收录于专栏：生信星球520生信星球520

运行总次数：0

代码可运行

比如拟南芥啊。小鼠啊。这里的genes就是前面分析的差异基因（symbol）。

rm(list = ls())
library(clusterProfiler)
library(org.At.tair.db)
library(stringr)
library(ggplot2)
load("genes.Rdata")
head(genes)

## [1] "ATBCA3"      "BCA3"        "AtWSCP"      "Kunitz-PI;1" "BCAT6"      
## [6] "OSR1"

1.ID转换

首先是要转换ID,拟南芥是要TAIR id来做富集分析。怎么知道的呢？如果拿ENTRIZID来做，会收到这样式的报错信息：

那我们就知道应该用AT开头的ID了。那是啥ID呢，查查呗。

x = bitr(genes,fromType = "SYMBOL",toType = "TAIR",
         OrgDb = "org.At.tair.db")
head(x)

##        SYMBOL      TAIR
## 1      ATBCA3 AT1G23730
## 2        BCA3 AT1G23730
## 3      AtWSCP AT1G72290
## 4 Kunitz-PI;1 AT1G72290
## 5       BCAT6 AT1G50110
## 6        OSR1 AT2G41230

2.做KEGG富集

ekk <- enrichKEGG(gene = x$TAIR,organism = 'ath')
ekk <- setReadable(ekk,OrgDb = org.At.tair.db,keyType = "TAIR")
#如果ekk是空的，这句就会报错，因为没富集到任何通路。
# 条带图画一下
barplot(ekk)

发现纵坐标有多余的东西，可以在enrichResult对象里面删掉。

代码里的两个斜杠代表括号就是括号本身，不加两个斜杠就会被当作正则表达式的括号，它另有含义。

ekk@result$Description =  str_remove(ekk@result$Description," - Arabidopsis thaliana \\(thale cress\\)")
barplot(ekk)

改完再画,这回好咯

3.GO富集分析

就比较简单，指定一下keyType参数即可

ego <- enrichGO(gene = genes,OrgDb= org.At.tair.db,
                keyType = "SYMBOL",
                ont = "ALL")
barplot(ego, split = "ONTOLOGY") + 
  facet_grid(ONTOLOGY ~ ., space = "free_y",scales = "free_y")