大家好,我是邓飞,最近星球的小伙伴询问如何在windows安装GAPIT软件包,真是李白的行路难:欲渡黄河冰塞川,将登太行雪满山……
报错显示LDheatmap不在Bioconductor3.2版本中,然后报错显示:
下载到本地安装,还是报错:
安装Bioconductor3.2,再安装LDheatmap还是报错:
这日子没法过了,然后我就说:我晚上发个公众号,将相关R包都打包一下,发出来,然后你复制到R的library应该就可以了。
1,我先将.libPath()的文件夹找到
2,载入GAPIT,发现找不到,那就将之前安装好的GAPIT文件夹copy到
copy GAPIT文件夹到"C:/Program Files/R/R-4.4.2/library" 里面:
3,搞定:
4,将R4.4所有library的包都汇总到cp_library文件夹中
你可以将里面的R包都复制,然后放到C:/Program Files/R/R-4.4.2/library中,不要覆盖,复制完成再载入GAPIT,就搞定了,所有的依赖包都搞定了。
这个思路,解决R包安装,屡试不爽。
有时候,我在想,这么简单的方法,R语言的CRAN为何不做一个RPro,类似JuliaPro一样,将所有官方的R包都放进去,估计也不到4Gb,可以节省多少时间和精力,我后面把数据分析和生物信息常用的R包搞一个windows版本和Linux版本的,直接放进去,你只需要下载最新版的R,然后将文件夹的内容不覆盖的粘贴,所有的R包统统都能搞定,想想就酸爽……
注意:将下载的文件解压后,将里面的内容,找到你的library文档,粘贴进去,不要覆盖就可以了。查看library路径,在R中输入.libPath()