空转分析框架---空间数据分析的标准方法

作者，Evil Genius

今天我们来分享一下空转分析的框架。

分析空间数据的现有方法没有标准化，而且往往局限于空间平均指标，例如细胞计数和密度。这些方法忽略了空间信息，如细胞间的相互作用。例如，免疫细胞排斥到肿瘤外周在生物学上不同于免疫细胞浸润到整个肿瘤，并且已知免疫细胞与患者预后相关。进一步的挑战是组织内复杂的组织结构可能来自局部细胞-细胞相互作用。针对一个长度尺度的定量方法可能会忽略其他尺度的信息，这表明应该使用多种互补工具来集中于生物学洞察力。

分析思路

1、使用滑动窗口方法来表征局部细胞邻域的组成 2、SpottedPy利用Getis-Ord热点分析和距离测量来描述Visium数据 3、SquidPy，一个空间组学框架，将高效的数据结构与主要关注图置换的统计方法选择相结合

空转分析框架

细胞形态的量化可能需要每个细胞由其边界来定义，而组织尺度的分析可能只需要每个细胞由其质心的一个点来定义。

分析尺度：单个细胞分析

分析尺度：细胞邻近性分析

分析尺度：跨尺度的细胞-细胞关系分析

分析尺度：组织尺度上的空间关系

分析pipeline

1、Cell-cell contact 2、Neighbourhood characterisation 3、 Tissue architecture

分析示例在：Tutorials — Multiscale Spatial Analysis

非常棒的方法，生活很好，有你更好