做60个10x技术的单细胞转录组样品就为了证明测序仪不重要？

单细胞转录组技术已经火爆了五年多了， 从早期的两三万一个10x技术的单细胞转录组样品费用到现在的万元以内即可。

而且现在有了多个国产单细胞技术平台可以选择，比如新格元，寻因等公司，它们有自己的技术平台和数据处理软件：

• nf-celescope — 新格元新流程
• CeleScope — 新格元单细胞多组学分析工具箱
• SeekSoulTools — 单细胞转录组学一站式分析工具

当然了，对大家来说，并不会直接接触技术开发公司，打交道更多的应该是测序服务公司，比如：

1. 诺禾致源（Novogene）
2. 贝瑞基因（Berry Genomics）
3. 华大基因（BGI）
4. 吉因加（Gene+）
5. 安诺优达（Annoroad）
6. 金唯智（Genewiz）

实际上呢，技术开发作为上游公司，有时候也会跟测序服务业务线混在一起，比如华大有测序技术仪器，也有单细胞技术仪器，同时也提供测序服务。如果是它们做项目来说明它们自己的测序仪，单细胞仪器很可靠，是理所当然的。

但是我看到了一个英国课题组做的研究，标题是《Illumina SBS Sequencing and DNBSEQ Perform Similarly for Single-Cell Transcriptomics》，作者是Nadine Bestard-Cuche等人，2024年底发表在《Genes》期刊上。这篇研究的主要目的是比较两种不同的高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术：Illumina的合成测序（Sequencing by Synthesis, SBS）技术和MGI的DNA纳米球测序（DNA nanoball sequencing, DNBSEQ）技术在单细胞转录组学中的性能。简单的读一下文献就可以看到结果和结论都表明两个不同的测序仪压根就对单细胞转录组结果并不会有什么影响：

结果

• 总体性能相似：研究发现两种技术在总体性能上表现出相似性。
• DNBSEQ的序列质量：DNBSEQ在序列质量上略优于Illumina SBS，体现在更高的Phred分数、更低的读段重复率以及更多的基因映射到参考基因组上。
• 单细胞分析参数：这些改进并没有转化为单细胞分析参数的有意义差异，包括细胞内检测到的额外基因数量、基因表达饱和水平和识别到的细胞数量，两种技术在这些方面都表现出了同样稳健的性能。
  • 单细胞表达量矩阵质量控制没什么差异

  

• 分析结果的可比性：两种测序平台产生的数据在单细胞分析中产生了可比的分析结果，包括细胞类型的注释和差异表达基因的鉴定。
  • 降维聚类分群没什么差异

  

结论

• 替代技术的应用：研究表明，替代技术可以应用于scRNA-seq文库的测序，与标准方法相比，几乎无法区分结果，并且提供了成本效益更高的替代方案。

其中illumina相关的10x技术的单细胞转录组测序数据在：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE267545

可以看到是30个样品，费用不低啊，作者给出来了表达量矩阵文件：

File type/resource
GSE267545_SingleCellExperiment_RDSs.tar.gz 4.3 Gb (ftp)(http) TAR
GSE267545_cellinfo_CSVs.tar.gz 11.9 Mb (ftp)(http) TAR
GSE267545_cellranger_matrices.tar.gz 5.6 Gb (ftp)(http) TAR

学徒作业

大家自行下载上面的文件（GSE267545_SingleCellExperiment_RDSs.tar.gz 4.3 Gb），然后解压 ：

ls -lh |cut -d" " -f 6-

  1.3G  4  5  2024 sce_cleaned_3ages_integrated.RDS
  253M  8  3  2021 sce_cleaned_adult_dataset.RDS
  323M 12 22  2022 sce_cleaned_old_dataset.RDS
  1.4G  3  9  2024 sce_cleaned_thalamic_dataset.RDS
  1.1G 10 19  2022 sce_cleaned_yound_dataset.RDS

因为都是illumina测序仪的单细胞部分，所以没办法去跟华大测序仪比较。但仍然是可以做一下差异分析看看是不是 这两个基因 （Serpina3n and C4b）在 Oligodendrocytes这个细胞亚群是有差异的（突变型相对于野生型小鼠来说的差异 ）

（Serpina3n and C4b）在 Oligodendrocytes这个细胞亚群是有差异的