ReactomePA安装及报错解决
ReactomePA安装及报错解决
写在开头
在之前整理单细胞分析环境配置的时候，分享的单细胞常用R包，也是在单细胞多样品分析流程课程前，会让大家提前下载安装的R包
但是里面有些包是没那么容易装的，比如COSG，就需要从Github下载到本地然后安装
这次有个小可爱在安装ReactomePA包的时候也遇到报错了，那一起来看看后面是如何解决的叭！
ReactomePA包简介
ReactomePA包是用于对筛选后的差异基因进行reactome通路富集分析。
支持多种物种：ReactomePA支持包括人类（hs）、小鼠（mm）、大鼠（rn）在内的多种物种的通路分析
具体的介绍及使用方法可见：https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/index.html
安装及报错信息
既然是Bioconductor上面的R包，直接使用BiocManager::install下载即可
BiocManager::install("ReactomePA")
但是由于是用于进行富集分析的R包，支持多物种进行注释，那么肯定需要下载起配套的数据库文件，也就是db结尾的
以db结尾的数据库文件都会比较大，下载不下来也非常正常！不过本着报错提示啥包安装不下来就单独安装哪个包，就单独安装一下reactome.db
reactome.db依赖包安装
1. 命令行安装
- reactome.db依赖包也是上传保存在Bioconductor上面的，所以可以使用命令行直接下载安装
- 但是因为文件比较大，快500M的文件，所以要设置一下系统默认时间，防止因为耗时太多而被终止掉
options(timeout = 10000)
> BiocManager::install("reactome.db")
终于在经过十几分钟漫长的等待之后，显示安装完成了，怕不更新依赖包它不能用，小谢还贴心的回答a更新了全部的依赖包！
下载并加载好了reactome.db包之后，重新安装一下ReactomePA即可
library(reactome.db)
BiocManager::install("ReactomePA")
2. 下载到本地导入
我是使用命令行直接安装，学员是尝试将reactome.db包下载到本地之后，从本地导入，但是遇到报错了。
我们一起来看看报错信息，然后求助一下kimi看看具体是什么原因
本地导入报错及解决
下载到本地之后，首先使用remotes::install_local命令导入本地的R包遇到了报错
remotes::install_local
然后使用install.packages导入本地包就成功了
install.packages
因为之前下载不下来的包，基本上都是Github上面的，然后选择下载到本地之后使用remotes::install_local命令导入，没有遇到过类似的报错，就只能根据报错搜索一下原因
kimi解释报错原因
从本地导入R包的时候，remotes::install_local("./reactome.db 1.88.0.tar.gz" ,upgrade = F,dependencies = T）与install.packages("./reactome.db 1.88.0.tar.gz",type = "Source")两个命令有何区别，为什么remotes::install_local会导入失败
最开始直接根据代码提问，得到回答之后以为是源码安装的问题，但是两个命令又都是能正常安装源码包的，所以肯定不是这个问题
根据报错截图去提问，得到了还算靠谱的回答
remotes::install_local与install.packages的主要区别在于：
- remotes::install_local是专为处理来自远程仓库如GitHub的包而设计的，它能够更好地处理包的依赖关系，并且可以安装那些尚未上传到CRAN的包。此外，它还提供了更多的参数来控制安装过程，例如upgrade和dependencies。
- install.packages是R的基础函数，用于从CRAN安装包。当设置type = "source"时，它也可以用于安装本地的源代码包。但它不提供remotes::install_local那样的高级依赖关系处理功能。
结尾小结
有时候遇到的报错奇奇怪怪，然后又以很神奇的方式解决了，所以就是多尝试，咱们的信念就是没有装不上的R包！
腾讯云开发者
