2024年07月_生信入门班_微信群答疑笔记

生信技能树

发布于 2024-11-21 09:25:02

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上一期的答疑互动也是彩蛋多多，现在整理完毕马不停蹄的分享给大家。接下来的9月份的最新一期的直播互动授课，有需要的朋友赶快上车哈：

生物信息学马拉松授课（买一得五），你的生物信息学入门课

下面是优秀实习生的整理和分享

【软件安装】我在百度网盘for windows文件夹中没有找到winscp的安装包，请问这个软件是需要自行下载吗

不需要哈，下载网盘提供的Termius即可

【软件安装】请问这个“必备软件安装”，如果自己的电脑之前装过R，R studio，微信和钉钉，是不是就可以不用下载了呀，以及R的版本是4.3.2影响大吗

可以不用下载。影响不大~ 后续遇到问题再更新也没啥问题~

【R报错】请问这个R是如何更新呢

waring警告信息不用在意哈。

【软件安装】现在百度网盘的一些软件和b站视频里的不一样，少了一些，例如git，这种是不用装的吧？

可以不装哈，安装好R Rstudio 以及钉钉这些必备的即可，然后安装R包。

【软件安装】已经下载完成了但是打不开一直显示这个咋回事呀

这个是说，你需要选择一下你的Rstudio使用哪一个版本的R，你可能需要鼠标点一下下面这个唯一的选项，点完之后点ok

【课前准备】这算安装成功了吗？

这样就成功啦

【课前准备】试了两遍都是error

先安装R包哦，再加载确定有没有安装好。跟着群公告里的视频操作

【软件安装】请问用R4.4.0和用R4.4.1有差别吗？我装的是百度网盘里的R4.4.0

没问题的。

【R包安装】这条下载比较久是正常的嘛

正常的，但建议更新到 R4.4 版本

【软件安装】我的R是百度网盘里的R4.4.0，在Rstudio上安装R 包，上面显示程序包是用R4.4.1版本建造的。请问我需要再下载R4.4.1吗？

不用，这样是完全没问题的

【R】这是怎么了

这是在运行中，下载安装R包，一般不需要担心

【R包安装】这个怎么选择呢

输入no

【R包安装】刚刚网卡重启了一下网络再run了一遍，现在呢

选yes，实际上你很多R包都已经安装好了，问题不大了

【R报错】我这个R经常这样，说我的镜像打开不了网址

很正常。如果大家觉得服务器网络有问题，大概是中国大陆的问题，服务器本身没有特殊的网络设置哈，你有很多取巧的办法，比如合理的镜像地址，需要自己摸索自己尝试 options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")

【R报错】我在装R包的时候总遇到如图这个问题，然后我就去安装这个不存在的broom,下次library又会提示不存在某某这个名称的程序包，这怎么解决？

提示缺什么就安装什么。

【R报错】为什么rmd转md的代码在脚本编辑器中运行不了，但是在控制台就可以运行

这个代码都是在控制台写，rmd内部写代码来运行自己，就是在铁扇公主肚子里找铁扇公主。你不写在控制台上，可以写在另一个脚本里，唯独不可以写在要操作的那个rmd里。别人的眼睛里才能看到你，你的眼睛怎么能看到自己

【其他软件】在typora中记录笔记插入的图片每次都要自己调整大小嘛？这样的话好麻烦

对，默认是占满。

【R报错】在数据框不允许重复的行名的那一页，能麻烦老师帮我看一下吗，以下是详细代码和运行结果

参照以下代码

df = df[!duplicated(df$A),]
rownames(df) = df$A

【R】我尝试将您课堂上示例的表格做了点改动，希望新建一个如下的表格，但是输入代码后输出的结果如图所示，请老师提示一下是哪里出了问题呢？

gene	change	score
gene1	up1	1
gene2	up2	2
gene3	down1	3
gene4	down2	4

test <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4), change = paste0("up",1:2), paste0("down",1:2), score = 1:4)

change = c(paste0("up",1:2), paste0("down",1:2))

【Rstudio】为啥我的Rstudio界面和上课的界面不一样？没有这一排英文？

因为你是mac 你的这行界面在显示器最顶上。如果是Mac操作系统，看这个《苹果MacBook电脑macOS系统新手从入门到精通大师版教程教学》 https://www.bilibili.com/video/BV11E411S74z/

【R实战】做GSEA分析的时候，有与表型负相关的基因要剔除再去做后续分析吗

不能剔啊，全部基因来做。

【Linux基础】第一节课这里cd /到根目录后，按2次tab键查看根目录内容。我这里按了2次Tab没有反应，不知道什么原因

指的是，输入 cd / 之后，先不要按回车，先按2下 tab ，相当于补全根目录下有什么文件夹

【服务器登录】上第一节课前给的IP，用当时的用户名与密码登不上去了怎么办?一直说connection timed out

试试换个网络环境。

【Linux基础】老师，有Liunx学习的书籍推荐吗？

有一个台湾作者写的，叫《鸟哥的Linux私房菜》，分2册，一般看基础篇就够。还有一本《Linux命令行与shell脚本编程大全》

【R报错】我抄写的上课ppt，为啥跑不出来呢

因为你工作目录没学好，回去第一节复习一下工作目录吧。还有你为什么要抄写代码呀？课程是提供了脚本文件的

【Linux报错】在管理环境变量的时候在这儿总出错，具体就是在vim进去之后出错

你的 bashrc 最后多了这个，应该是你vim的时候不小心加上的，你先删除掉这一行。退出vim编辑器的顺序是按 ESC 键，然后再 :wq

【R可视化】我修改代码以后为什么图像会不发生变化？比如我这里已经把color改成了yellow，alpha改成了1 但是图像依然没有变化

学员答疑：应该把color、size、alpha放到aes的括号外。

【Linux报错】请问为什么无法激活rna环境呢？

你前面安装conda可能都没成功，重新安装一下conda看看。

【Linux基础】麻烦请问服务器CPU有56%占用，是哪个软件在运行呢？我现在没有跑代码

服务器并不是你自己在用，还有他人在用。显示的 CPU，是总的占用情况。

【Linux实战】写shell脚本时用绝对路径写fq_dir和outdir为什么不是/HOME，而是$HOME

HOME 就是 /trainee/Jul4312 。而 /HOME 实际上不存在，只有 /home 。本来所有账号的家目录是在 /home/Julxxxx的，但是为了方便管理，服务器管理员把大家的账号家目录设置为了 /trainee/Julxxxx 前面Linux基础有讲过 /trainee ，你应该是忘了，可以翻翻课件或视频回放