网页版的基因组浏览器也有单细胞信息啦！

太久没有做表观调控的项目了，所以没怎么使用Genome Browser（基因组浏览器），但是最近发现它居然也有单细胞信息啦，值得分享！

UCSC Genome Browser 的开发和维护是由多个资助机构支持的，包括美国国立卫生研究院（NIH）等。此外，还有其他机构和项目也开发了自己的基因组浏览器，如Ensembl浏览器由欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）维护，它们都对生物信息学领域的发展起到了重要作用。它是一种用于可视化和探索基因组数据的生物信息学工具。它允许研究人员在基因组的特定区域中查看和分析各种类型的数据，包括基因、转录本、蛋白质结合位点、表观遗传标记等。 Genome Browser 最初是由加州大学圣克鲁斯分校（UCSC）的基因组生物信息学研究所开发的。UCSC Genome Browser 是由加州大学圣克鲁斯分校的科学家们，包括著名的计算生物学家David Haussler及其团队，于2000年左右首次推出的。这个工具是基于公共人类基因组计划数据开发的，目的是提供一个用户友好的界面，使研究人员能够浏览和分析整个基因组的数据。

背后的学术单位：

• 加州大学圣克鲁斯分校（UCSC）：UCSC Genome Browser 是由该学校的科学家们开发的，并且一直是基因组学研究的重要资源。

生物信息学领域的重要性：

1. 数据集成：Genome Browser 集成了来自多个来源的数据，包括基因注释、转录本信息、蛋白质结合位点等，为研究人员提供了一个全面的视图。
2. 用户界面：它提供了一个直观的用户界面，使得研究人员可以轻松地浏览和探索大规模的基因组数据。
3. 研究工具：Genome Browser 成为了基因组学研究中的标准工具，用于分析基因表达、遗传变异、基因调控等。
4. 教育和培训：它也是教育和培训中的重要资源，帮助学生和新研究人员理解基因组数据的结构和复杂性。
5. 科学发现：Genome Browser 促进了对基因组结构和功能的理解，为许多科学发现提供了平台。
6. 跨学科研究：它支持跨学科的研究，包括遗传学、发育生物学、神经科学和疾病研究等。
7. 数据共享：Genome Browser 支持数据共享和开放科学，因为它允许用户访问和分析公共数据库中的基因组数据。
8. 技术发展：随着生物信息学领域的不断发展，Genome Browser 也在不断更新，以支持新的数据分析技术和方法。
9. 个性化医学：在个性化医学和精准医疗中，Genome Browser 帮助研究人员理解个体基因组变异与疾病之间的关系。
10. 国际合作：Genome Browser 成为了国际基因组学研究合作的基石，许多国际项目和联盟都使用这个工具来共享和分析数据。 以下是对Genome Browser及其各种track的介绍：

Genome Browser 功能：

1. 数据展示：在染色体的线性表示上展示基因组数据。
2. 缩放功能：用户可以根据需要放大或缩小查看特定区域。
3. 导航：轻松在基因组的不同区域之间导航。
4. 数据检索：快速检索特定基因或序列。

各种类型的 Track：

1. 基因注释 Track：
   • 展示基因的位置、结构和方向。
2. 转录本 Track：
   • 显示转录本的外显子和内含子。
3. 蛋白质结合 Track：
   • 展示蛋白质与DNA结合的区域，通常来自ChIP-seq数据。
4. 表观遗传标记 Track：
   • 如DNA甲基化水平，组蛋白修饰等。
5. 基因表达 Track：
   • 展示不同条件下基因表达水平的变化。
6. 保守性 Track：
   • 展示基因组序列在不同物种间的保守性。
7. 复制域 Track：
   • 展示DNA复制过程中的复制起始和终止点。
8. 变异 Track：
   • 展示已知的SNPs、插入/缺失等遗传变异。
9. 比对 Track：
   • 展示不同个体或物种基因组序列的比对结果。
10. 自定义 Track：
    • 用户可以上传自己的数据以在基因组浏览器上展示。

生物信息学的广泛应用：

• 基因组学：基因组浏览器是基因组学研究的核心工具，用于分析基因组结构和功能。
• 转录组学：分析RNA-seq数据，研究基因表达模式。
• 表观遗传学：研究DNA甲基化和组蛋白修饰对基因表达的调控作用。
• 疾病研究：识别与疾病相关的基因变异和调控异常。
• 进化生物学：比较不同物种的基因组，研究进化过程中的保守性和变异。

可视化的重要性：

• 直观理解：通过图形化展示，帮助研究人员直观理解复杂的基因组数据。
• 模式识别：便于识别基因组中的模式和异常。
• 数据整合：集成多种数据类型，提供全面的基因组视图。
• 假设生成：通过观察数据的分布和模式，生成新的科学假设。 基因组浏览器是生物信息学中不可或缺的工具，它通过可视化手段极大地促进了基因组数据的分析和解释。随着技术的发展，基因组浏览器也在不断进化，增加了更多高级功能，如三维基因组结构展示、用户交互性增强等，以满足日益增长的科研需求。

2021年11月开始加入了单细胞元素

Nov. 17, 2021 Releasing A New Genome Browser Track Group: Single-Cell RNA-seq

We are excited to release a new Genome Browser track group with single-cell RNA-seq (scRNA-seq) datasets for the hg38 assembly. Data generated by scRNA-seq allows us to study the heterogeneity of cells in organs, explore gene expression at a cellular level, and track cellular states in both development and disease.

We are starting with 14 scRNA-seq tracks covering different major organs of the body. Each new scRNA-seq track contains anywhere from 2-19 individual mRNA expression tracks in barChart format. By default, tracks display gene expression per individual cell type annotation and are colored according to cell class:

When available, expression tracks organized by other categories such as sex, donor, sample, detailed cell type, etc. are also included in these container tracks. In all of the tracks, the gene expression is averaged for each item in a category. 详见：https://genome.ucsc.edu/goldenPath/newsarch.html#111721