day3-Linux软件安装

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于是没有洗头

修改于 2024-10-23 21:53:04

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文章被收录于专栏：我的生物信息菜鸟学习笔记我的生物信息菜鸟学习笔记

1、Linux软件安装

step1、了解conda--“linux的应用商店”

conda

step2、下载conda

miniconda是conda的精华版本，里面包含了conda、python和基础包

1、哪里找

Google/Bing 搜索 “miniconda 清华”

网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

安装64位最新版本（latest）

复制下载链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2、下载安装conda的脚本

下载到~~自己电脑上~~服务器上

1、登录服务器

2、cd到生物信息软件存放文件夹（我的是biosoft，没有可新建）

可以使用tab键补全这样更加快捷、准确

3、wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

sh是脚本后缀这个是用来下载miniconda安装包的脚本

step、3安装miniconda

1、Linux下的安装要运行这句代码（bash＋安装脚本）

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2、按下q跳过版权信息，按不动q就按回车，看到问问题就yes

3、“Thank you for installing Miniconda3 ！”说明安装成功

如果这一步失败，就将miniconda这个目录删掉,然后从step3重新来。

cd 
cd biosoft
rm -r miniconda/

4、激活

source ~/.bashrc #激活conda的代码,注意空格
conda #出现满屏的信息说明成功了

step4、配置conda镜像

conda镜像相当于在国外下载网站的国内副本，下载速度更快

# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

step5、使用conda

1、查看当前服务器上安装的所有软件

conda list

2、安装软件

conda install fastqc -y 
#-y是yes，安装过程中conda问的问题全部回答yes

某些软件需要指定特定的版本使用，为防止bug出现，采用下面这种方式：

conda install fastqc=0.11.7 -y

3、确认fastq软件是否安装成功

在Linux上判定软件是否安装成功的方法就是查看帮助文档（help）

在R语言上是看是否安装成功是看library能否成功

step6、创建conda环境

创建不同的环境，完成不同的项目，互不干扰，高效实用。

1、查看当前conda有哪些环境

conda info --envs #(前面带*的就是当前激活的)

2、创建新环境（以处理转录组数据为例）

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
#建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda info --envs#查看创建好的环境，此时默认好的环境还是base

3、激活新环境

conda activate rna-seq#激活新环境
fastqc#出现大篇幅文章说明安装成功

4、退出当前环境

conda deactivate

2、今天的思维导图

原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

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