OB 运维 | OB4.X-Follower 节点时钟偏差导致合并卡住？

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发布于 2024-10-21 15:02:23

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作者：郑增权，爱可生 DBA 团队成员，OceanBase 和 MySQL 数据库技术爱好者。

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1背景

某客户由于 OBServer 机器（租户 Follower 节点）发生过重启，且时钟同步服务未自动启动，导致此机器时间比时钟源落后 60s+！

集群合并时，发现时间落后的 OBServer 所在的 zone3 一直处于 COMPACTING 状态，合并无法完成。本文复现问题（步骤略）并记录排查过程。

环境说明：客户发生故障的环境为 OB 社区版，本文基于 OB 企业版复现，两版本均可复现。

2环境信息

OceanBase: 4.2.1.4
架构：1-1-1
zone1: 10.186.64.161 (RS Leader)
zone2: 10.186.64.162
zone3: 10.186.64.163
时钟源: 10.186.64.160

3视图排查

查看集群租户信息

集群存在 5 个租户，其中 1001 和 1003 是 META 租户。

select * from __all_tenant;

查看租户级合并信息

LAST_SCN 表示上一轮已完成合并的版本号，GLOBAL_BROADCAST_SCN 表示当前这一轮全局广播的合并版本号。

LAST_SCN == GLOBAL_BROADCAST_SCN：当前轮次的合并已经结束
LAST_SCN != GLOBAL_BROADCAST_SCN：当前轮次的合并尚未结束。若长时间合并未结束，则可能是合并卡住了。

当前所有租户均处于合并卡住的状态。

select * from cdb_ob_major_compaction;

查看租户角色信息

若当前合并处于卡住状态（本文状态），直接查看卡住的租户 1 号日志流的 Leader 在哪个机器上。

若当前不处于合并卡住状态，则需找到合并卡住的租户的 1 号日志流切主历史。从切主历史中，找到需要排查的时间段内，租户的 1 号日志流的 Leader 在哪台机器上再进行排查。

可以看到租户 1 号日志流的 Leader 节点都在 10.186.64.161。

查看各租户 compaction_scn 小于 GLOBAL_BROADCAST_SCN 的信息

RS 端判定合并结束的主要流程：检查每个 zone 中的 tablet 版本号是否皆已推高至当前合并版本号，如果是，则更新 __all_zone_merge_info 内部表中对应 zone 的 last_merged_scn 并将 is_merging 置为 false。

__all_tablet_meta_table 存在于 SYS/META 租户下：比如要查 1004 租户下的某个 tablet，需要先切至其 META 租户才能查到 1004 的 tablet meta 信息（ SYS 租户 2881 直连登陆后：alter system change tenant META$1004;）。

meta 表目前实现了对应的虚拟表 __all_virtual_tablet_meta_table，通过虚拟表查询则不需要切换租户。

下图可以看到有大量的 tablet 版本号未推高至当前合并版本号，导致合并卡住，需要进一步排查存储层为何尚未将这些 tablets 的版本推高至当前合并版本号（GLOBAL_BROADCAST_SCN）。

select count(*) from __all_virtual_tablet_meta_table where tenant_id = 1    and compaction_scn < 1718165680404973713;
select count(*) from __all_virtual_tablet_meta_table where tenant_id = 1001 and compaction_scn < 1718165680509150848;
select count(*) from __all_virtual_tablet_meta_table where tenant_id = 1002 and compaction_scn < 1718165680443836989;
select count(*) from __all_virtual_tablet_meta_table where tenant_id = 1003 and compaction_scn < 1718165680590612402;
select count(*) from __all_virtual_tablet_meta_table where tenant_id = 1004 and compaction_scn < 1718165680471683591;

查看 ZONE 级合并信息

可以看到是 zone3 卡住了合并。

select * from cdb_ob_zone_major_compaction;

查看合并诊断信息

RS_UNCOMPACTED：不一定存在异常。说明还存在 tablet 版本尚未推高至当前合并版本号，可以先通过 GV$OB_COMPACTION_PROGRESS 判断是否处于正常合并进行的状态。

如果还有 RUNNING 的合并，则大概率是合并任务的问题。

这里可以看到存在 tablet 数据快照版本号未更新的情况（compaction_scn_not_update）。

 select * from __all_virtual_compaction_diagnose_info where  create_time >= '2024-06-12%';

确认存储层合并是否完成

TABLET_COMPACTION_FINISHED：代表存储层合并已完成。

可以看到每个租户所有 zone 存储层均已完成合并，但 RS 未完成后续操作导致合并卡住。

结合前方排查信息，RS 未进行后续操作的原因是存在 tablet 数据快照版本号未更新，需要进一步排查为何数据快照版本号（compaction_scn）未更新的原因。

select * from __all_virtual_server_compaction_event_history where tenant_id = 1    and compaction_scn = 1718165680404973713 and event like '%FINISHED%' order by zone;
select * from __all_virtual_server_compaction_event_history where tenant_id = 1001 and compaction_scn = 1718165680509150848 and event like '%FINISHED%' order by zone;
select * from __all_virtual_server_compaction_event_history where tenant_id = 1002 and compaction_scn = 1718165680443836989 and event like '%FINISHED%' order by zone;
select * from __all_virtual_server_compaction_event_history where tenant_id = 1003 and compaction_scn = 1718165680590612402 and event like '%FINISHED%' order by zone;
select * from __all_virtual_server_compaction_event_history where tenant_id = 1004 and compaction_scn = 1718165680471683591 and event like '%FINISHED%' order by zone;

查看 GV$OB_COMPACTION_PROGRESS，可以看到不存在仍在运行的合并任务。

select * from GV$OB_COMPACTION_PROGRESS where status != 'FINISH';

排查至此我们发现从相关视图中可以找到的信息比较有限，转入日志排查，尝试寻找合并卡住的具体原因。

4日志排查

1. 查看是否存在 tablet 版本尚未推高至当前合并版本号

由于合并服务注册在每个租户 1 号日志流的 Leader上，前方已查出在 10.186.64.161 ，查看此机器的日志。

在 10.186.64.161 执行如下语句，定位未成功合并的分区。

tail -10 为可选项，避免打印信息过多
我们复制一个 trace_id 用于后续排查，此处我们选择 sys 租户的 trace_id

grep --color=always "replica not merged" rootservice.log | tail -10

2. grep 前方复制的 tarce_id : 查看详细信息

zone1 和 zone2 的 unmerged_cnt=0，说明所有 tablet 副本版本都已推高至当前合并版本号。

zone3 的 unmerged_cnt=891，说明 zone3 中还有 891 个 tablet 副本版本尚未推高至当前合并版本号。

grep "YB420ABA40A1-00061A34C8AC5770-0-0" rootservice.log* | grep --color=always "unmerged_cnt" |  grep --color=always -E "zone1|zone2|zone3"

3. 确认 Tablet 对应租户是否发起了版本号为 broadcast_scn 的合并。

可以看到卡住的租户都发起了版本号等于 broadcast_scn 的合并。

grep "try to schedule merge" observer.log.202406121* | grep --color=always  "tenant_id" | grep --color=always "scn:{val:"

4. 确认 zone3 合并前的转储 memtable 是否冻结

需要确认 memtable 的 snapshot version 是否大于本次合并的版本号，如果小于，则说明备机读时间戳没有推过冻结点。

若没有日志，说明 memtable 没有冻结。
tail -1 为可选项，避免打印信息过多，实际排查请去掉

可以看到 memtable 的 snapshot version 大于对应租户本次合并的版本号，即 zone3 合并前的转储 memtable已经冻结。

grep --color=always "ready for flush" observer.log* | grep -w T1    | grep --color=always -w "snapshot_version:{val" | tail -1
grep --color=always "ready for flush" observer.log* | grep -w T1001 | grep --color=always -w "snapshot_version:{val" | tail -1
grep --color=always "ready for flush" observer.log* | grep -w T1002 | grep --color=always -w "snapshot_version:{val" | tail -1
grep --color=always "ready for flush" observer.log* | grep -w T1003 | grep --color=always -w "snapshot_version:{val" | tail -1
grep --color=always "ready for flush" observer.log* | grep -w T1004 | grep --color=always -w "snapshot_version:{val" | tail -1

5. 确认 zone3 转储是否成功生成了对应的转储/合并 sstable

可以看到存在 4012 报错的 MINI_MERGE

MINI_MERGE：表示转储，冻结 MemTable 通过转储变成 Mini SSTable

grep "sstable merge finish" observer.log* | grep -v "ret=0"  | grep --color=always "ret="

复制 trace_id 检索，确认此处转储最终状态是否为成功。

此处结果显示报错的转储最终是成功的，即转储全部成功生成了对应的转储/合并 sstable

6. 租户合并信息汇报确认

__all_tablet_meta_table 表存在于 SYS/META 租户下，即 SYS 租户或 META 租户会向 __all_tablet_meta_table 表汇报合并信息（普通租户需切至对应的 META 租户进行汇报），我们主要基于 tenant_id 为 1、1001、1003 这三个租户来看下是否汇报成功。

取一条租户汇报失败的语句，复制其 trace_id 。

grep "REPORT: batch update tablets" observer.log | grep "ret=-"

7. grep 复制的 trace_id，可以看到存在向 __all_tablet_meta_table 汇报失败的行为

grep "YB420ABA40A3-00061A354A6E3DD4-0-0" observer.log* | grep "__all_tablet_meta_table" | grep errcode | grep compaction_scn | head -1

可以看到 1001 租户在发起对应的 GLOBAL_BROADCAST_SCN（1718165680509150848 ）汇报时遭遇 6210 超时报错。

汇报超时：OB_TRANS_TIMEOUT。

8. 在 trace_id 中检索关键字 "original error message"，看它对应的远端地址(remote_addr) 是哪个OBServer节点

可以看到 remote_addr 是 10.186.64.161。

grep "YB420ABA40A3-00061A354A6E3DD4-0-0" observer.log* | grep "original error message"

9. 根据提示到 remote_addr ( 10.186.64.161) 的 observer.log 中检索当前的trace_id

报错：PNIO packet wait too much time between proxy and server_cb 可能是如下四种情况导致：

两台机器之间时钟不同步，使用 clockdiff IP 命令来确认。
网络延迟大，通过 ping 大包来确认。
系统负载高导致，网络、CPU、内存使用异常。
OBServer 进程被 gdb 或者 pstack 了，导致线程被暂停。

grep "YB420ABA40A3-00061A354A6E3DD4-0-0" observer.log* | grep "packet wait too much time"

10. 查看与时钟源的时间差

可以看到 zone3 的 OBServer 机器与时钟源存在落后 65s 的时间偏差。

clockdiff 10.186.64.160

5解决方法

将租户 leader 切至 zone3 所在的 OBServer 节点（临时解决，不建议）。
将 zone3 所在 OBServer 节点系统时间调整为正确时间（合理解决，建议），本文采用。

1. 将时间回调正常

systemctl stop ntpd
date && ntpdate 10.186.64.160 && date
systemctl start ntpd && systemctl status ntpd
clockdiff 10.186.64.160

2. 查看合并状态

可以看到 zone3 已经合并成功。

select * from cdb_ob_zone_major_compaction;

6结论

合并卡住的原因是更新 __all_tablet_meta_table 系统表 OB_TRANS_TIMEOUT （超时），zone3 上各分区的新 major sstable 已生成，但是由于时间偏差（zone3 节点 OBServer 机器时钟落后 65s），zone3 无法将 compaction_scn 汇报到 __all_tablet_meta_table 表，导致 RS 判断合并未完成，zone3 合并状态一直处于 COMPACTING 状态。

7优化措施

合理配置时钟源和时钟服务自启动
关注时钟延迟相关告警信息

温馨提示

可以使用 obdiag 或者 OBStack 进行合并卡住问题分析

参考资料

《如何排查合并卡住问题》：https://www.oceanbase.com/knowledge-base/oceanbase-database-1000000000685150?back=kb
《OceanBase 数据库 V4.x 版本 RS 端合并卡住排查手册》：https://www.oceanbase.com/knowledge-base/oceanbase-database-1000000000816610?back=kb
《如何调整 OBServer 的操作系统时间》：https://www.oceanbase.com/knowledge-base/oceanbase-database-20000000070?back=kb
《compaction_diagnose 视图使用指南》：https://www.oceanbase.com/knowledge-base/oceanbase-database-1000000000209906?back=kb
《OceanBase 数据库中启用 pkt-nio 功能时 RPC 的 fly_ts 耗时长的原因》：https://www.oceanbase.com/knowledge-base/oceanbase-database-1000000000699896?back=kb

本文关键字：#OceanBase# #时间偏差#

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原始发表：2024-10-15，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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