将SeuratV5降为V4：目前试过最简便的方法，复制黏贴可用
原创将SeuratV5降为V4：目前试过最简便的方法，复制黏贴可用
原创
依芙
发布于 2024-07-19 23:38:41
发布于 2024-07-19 23:38:41
先正常下载Seurat
BiocManager::install("Seurat")
BiocManager::install("SeuratObject")
#此时的版本
> packageVersion("Seurat")
[1] ‘5.1.0’
> packageVersion("SeuratObject")
[1] ‘5.0.2’
> packageVersion("Matrix")
[1] ‘1.6.1.1’然后单独卸载Seurat和SeuratObject
remove.packages("SeuratObject")
remove.packages("Seurat")
#detach(package:Seurat)有可能会用到
#detach(package:SeuratObject)可以选择在github上下载（经过尝试不太成功）
devtools::install\_version("Seurat",version = "4.1.1")
devtools::install\_version("SeuratObject",version = "4.1.3")下载到本地（比较成功的）
install.packages("E:/develop/handmake_install_packages/spatstat.core_2.4-4.tar.gz",repos = NULL,type = "source")
install.packages("E:/develop/handmake_install_packages/SeuratObject_4.1.3.tar.gz",repos = NULL,type = "source")
install.packages("E:/develop/handmake_install_packages/Seurat_4.1.1.tar.gz",repos = NULL,type = "source")
install.packages("E:/develop/handmake_install_packages/Matrix_1.5-4.tar.gz",repos = NULL,type = "source")
顺序不可以错，否则会出现若干报错
ERROR: dependencies 'SeuratObject', 'spatstat.core' are not available for package 'Seurat'此处的E:/develop/handmake_install_packages请更改为你本人安装这几个软件包的路径，如果直接复制windows的路径，记得改右斜杠“\”为左斜杠“/”
再分别检查四个R包的版本
> packageVersion("Seurat")
[1] ‘4.1.1’
> packageVersion("SeuratObject")
[1] ‘4.1.3’
> packageVersion("Matrix")
[1] ‘1.5.4’
> packageVersion("spatstat.core")
[1] ‘2.4.4’一句话总结
先通过biocmanager下载seurat等相关的依赖包，然后单独卸载Seurat、SeuratObject，但因为安装SeuratObject需要的Matrix软件包的版本为1.5-4，而下载Matrix过程中又要依赖spatstat.core软件包，因此在本地或者github下载这几个包。
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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