WES用于携带者筛查可行么

随着测序价格的不断下降，WES的测序成本也被压缩到了很低的水平，有老师就提出了直接用WES做携带者筛查是否可行？

其实我们还是要搞清楚临床的目的是针对正常无表型无家族史的人群的筛查，还是偏诊断性的有表型信息的筛查（比如有过不良孕产史的正常夫妻，但没有先证者样本）。如果是偏诊断性的筛查，当然还是建议WES，但是我们要搞清楚现在市面上的WES大多是进口的（比如IDT、Twist、Roche、Agilent），是基于国外人群数据库设计的，其实中国人高携带率或者高发病率的一些疾病，在这些进口的WES的探针中不一定有很好的设计和覆盖。

比如中国南方地贫携带率高，尤其是α地贫，国外并没有中国那么高携带率/发病率，我了解绝大多数的WES并没有很好的探针覆盖，要准确区分好3.7k del/4.2k del/SEA/THAI/FIL，还是需要在WES的基础上增加探针的。

比如以下是一款进口的商业WES的α地贫相关基因区域覆盖情况

而经过优化探针设计后的是这样：

还有像PAH 第11号内含子上的 NC_000012.11(NM_000277.3):c.1199+502A>T和5'UTR区域（CNV）一般WES很少设计探针

下边是WES的IGV分布情况

而经过优化探针设计后的是这样：

还有像之前XX妇幼漏筛的NM_199242.3(UNC13D):c.118-308c>T，有可能有的WES甚至部分厂家的Panel也没有很好的设计探针

还有像DMD 深度内含子区的变异和 单外显子CNV，WES可能缺乏backbone和深度内含子探针设计，有可能导致漏检的可能

还有像NF1（AD遗传）的深度内含子区域，部分假基因区域的特殊设计等等

小Panel其实测序量少，其实随着测序价格的降低，在wetlab成本与WES差不多的情况下，测序的成本只比WES少一点点，小Panel在成本上的优势越来越小。但是小Panel可针对上述的一些缺少设计的区域做设计，而且一定Panel Size的小panel也有很好的筛查效率。

如果测序价格继续降低的话，WGS当然是最全面的，wetlab成本也比基于捕获测序的WES或小panel成本更低，建库的时间也更短，只要生信分析策略也是全面的，也不在NGS的盲区的话，理论上是不存在漏筛的可能的。也许未来一两年内，WGS用于筛查将会变得流行。