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Linux中的Conda

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用户8539083
修改2024-07-11 20:34:28
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修改2024-07-11 20:34:28
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文章被收录于专栏:conda安装软件

选择Miniconda安装镜像

  1. 浏览器搜索:学校+conda 比如 清华 conda 即是选择使用清华镜像安装miniconda
  2. 获取Miniconda下载链接 选择“ Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh”
  3. conda安装版本与Linux架构保持一致

Linux下安装Miniconda

1. 进入家目录

cd ~

2. wget -c 下载miniconda

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86\_64.sh

3. bash 命令安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86\_64.sh

4. .bashrc文件会发生修改,需要重新激活

source ~/.bashrc

. ~/.bashrc

5. 成功运行帮助文档,则表明安装完成

conda --help

配置miniconda中的下载路径

用于miniconda 下载软件使用,通常需要bioconda,conda-forge,main三个链接

1. 配置镜像

  1. 先添加main,其次conda-forge,最后bioconda,它们是有顺序的
  2. pkgs/main,cloud/conda-forge,cloud/bioconda
  3. default是官方频道,删除它可使下载速度加快
  4. 配置完成后会生成一个.condarc的文件

conda -config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda -config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda -config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes

sed -i '/defaults/d' ~/.condarc

2. 更改镜像

当下载缓慢问题时,可能需要更改conda中的下载路径 ping www.baidu.com

  1. 删除原镜像配置文件 rm ~/.condarc
  2. 使用conda config --add channels URL 添加镜像链接
  3. 每次更换完频道之后记得要清除一下index,conda clean -i -i 是指清除掉构建好的index,清除掉之后才会从新的频道下载软件包

创建小环境

创建不同的环境用于不同项目的管理,并且可以保护base环境

1. 创建RNA环境

conda create -n rna

conda activate rna

2. 其他用法

删除环境:conda remove -n rna --all

重命名: conda rename -n rna anr

查看环境:conda env list 或者 conda info -e

在小环境中用conda安装所需软件

1. 判断一个软件是否可用conda安装

  1. anaconda官网查询
  2. 命令行界面输入 conda search fastqc

安装所需软件

conda activate 环境名

conda install 软件名 还可以指定安装版本:conda install -y fastqc=0.11.7

fastqc --help 运行成功表示安装完成

fastqc --help > /dev/null 不输出,防止刷屏

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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  • 选择Miniconda安装镜像
  • Linux下安装Miniconda
    • 1. 进入家目录
      • 2. wget -c 下载miniconda
        • 3. bash 命令安装
          • 4. .bashrc文件会发生修改,需要重新激活
            • 5. 成功运行帮助文档,则表明安装完成
            • 配置miniconda中的下载路径
              • 1. 配置镜像
                • 2. 更改镜像
                • 创建小环境
                  • 1. 创建RNA环境
                    • 2. 其他用法
                    • 在小环境中用conda安装所需软件
                      • 1. 判断一个软件是否可用conda安装
                        • 安装所需软件
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