转录组数据质量评估-3

生信技能树学习笔记

数据质量评估

FastQC软件可以对fastq格式的原始数据进行质量统计，评估测序结果，为下一步修剪过滤提供参考。

FastQC主页：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

fastqc的常用参数

1.参数大小写敏感

2.参数两种形式

• 长参数

• 短参数

不是所有参数都有长参数和短参数。

fastqc运行

目标：使用fastqc对原始数据进行质量评估

# 激活conda环境

conda activate rna

# 连接数据到自己的文件夹

# 如果上面做习题的时候已经链接过来，无需再次链接

cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/data/rawdata

ln -s /home/t_rna/data/airway/fastq_raw25000/*gz ./

# 使用FastQC软件对单个fastq文件进行质量评估，结果输出到qc/文件夹下

nohup fastqc -t 6 -o ./ SRR*.fastq.gz >qc.log &

#-t指同时处理6个文件，-o指输出到当前文件夹 *是通配符 • nohup：no hang up（不挂起），退出终端不会影响程序的运行 • &：后台运行

# 使用MultiQc整合FastQC结果

multiqc *.zip -o ./

下载数据查看结果