转录组数据分析定量featureCounts-8

生信菜鸟团

发布于 2024-07-10 16:53:58

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生信技能树学习笔记

官网：http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/

featureCounts 需要两个输入文件：

1.比对产生的BAM/ SAM文件

2.区间注释文件（GTF格式，SAF格式）

使用featureCounts对bam文件进行定量具体流程

cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/featureCounts ## 定义输入输出文件夹gtf=/home/t_rna/database/GRCh38.104/Homo_sapiens.GRCh38.104.chr.gtf.gzinputdir=$HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Mapping/Hisat2/ # featureCounts对bam文件进行计数featureCounts -T 6 -p -t exon -g gene_id -a $gtf -o all.id.txt $inputdir/*.sorted.bam # 对定量结果质控multiqc all.id.txt.summary # 得到表达矩阵# 处理表头，/home/rna/要换成自己的路径less -S all.id.txt |grep -v '#' |cut -f 1,7- |sed 's#/home/rna/project/Human-16-Asthma-Trans/Mapping/Hisat2//##g' |sed 's#.Hisat_aln.sorted.bam##g' >raw_counts.txt sed s///sed s###sed s%%% # 列对齐显示head raw_counts.txt |column -t

featureCounts的结果解析

另一个定量软件——salmon

官网：http://combine-lab.github.io/salmon/

salmon：alignment-free的定量

Salmon可以快速从fastq快速得到基因表达

Salmon参考文档：https://salmon.readthedocs.io/en/latest/

# 构建salmon索引

salmon index -t Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa -i salmon_index

-t：参考基因组fasta文件，可以接受压缩格式

-i：存储索引的文件夹名

分析流程

##----构建索引## 后续索引可直接使用服务器上已经构建好的进行练习cd $HOME/database/GRCh38.105nohup salmon index -t Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa -i salmon_index >salmon-index.log &cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/Salmon ##----运行# 编写脚本，使用salmon批量对目录下所有fastq文件进行定量# vim salmon.shindex=/home/t_rna/database/GRCh38.104/salmon_indexinput=$HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/data/cleandata/trim_galoreoutdir=$HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/Salmoncat ../../data/cleandata/trim_galore/ID |while read iddo salmon quant -i ${index} -l A -1 ${input}/${id}_1_val_1.fq.gz -2 ${input}/${id}_2_val_2.fq.gz -p 5 -o ${outdir}/${id}.quantdone ##----合并表达矩阵# 原始count值矩阵# --quants：ls -d *quant |tr '\n' ',' |sed 's/,$//' |awk '{print "{" $0 "}" }'# --quants：ls -d *quant |sed ':a;N;s/\n/,/;t a;'|awk '{print "{"$0"}"}'# --quants：ls -d *quant |xargs |tr ' ' ',' |awk '{print "{"$0"}"}'# --names：ls -d *quant |tr '\n' ',' |sed 's/,$//' |awk '{print "{"$0"}"}' |sed 's/.quant//g' ## 完整版：ls -d *quant |tr '\n' ',' |sed 's/,$//' |awk '{print "{"$0"}"}' | perl -ne 'chomp;$a=$_;$a=~s/\.quant//g;print"salmon quantmerge --quants $_ --names $a --column numreads --output raw_count.txt \n";' salmon quantmerge --quants {SRR1039510.quant,SRR1039511.quant,SRR1039512.quant} --names {SRR1039510,SRR1039511,SRR1039512} --column numreads --output raw_count.txt # tpm矩阵salmon quantmerge --quants {SRR1039510.quant,SRR1039511.quant,SRR1039512.quant} --names {SRR1039510,SRR1039511,SRR1039512} --column tpm --output tpm.txt # 后台运行脚本nohup sh salmon.sh >salmon.log &