GAPIT结果形式改变了:
以前的GAPIT结果:里面包含包含SNP的Rsquare和不包含SNP的Rsquare,两者相减就是表型解释百分比(PVE)。
新版的GAPIT结果,变化了:只有p.value,maf和effect
其实是可以手动计算的:
具体计算方法,可以参考GWAS Cookbook的12.3章节:MLM模型中计算PVE。
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