plink分析二分类性状的GWAS

二分类性状的logistics可以使用plink软件进行分析。这里介绍一下数据的整理和命令的应用。

plink的语境叫“case and control”，其中0和-9都表示缺失。可以选择的方法有卡方检验和逻辑斯蒂回归（X2关联分析和logistic分析）。

「--assoc」，不允许有协变量；

「--logistic」，允许有协变量，如果考虑协变量，速度变慢。比assoc速度慢。

文件准备：

基因型文件：plink的文本文件或者二进制文件

协变量：pca，plink的pca文件即可

plink --file ../geno/c --pca 3

表型数据：FID，IID，y，没有行头，二分类，1和2两种。1是case（有表型），2是control。

注意事项：

1，如果没有性别信息，在代码中加上：

--allow-no-sex

2，如果有协变量，不想输出结果

--hide-covar

完整代码：

plink --file ../geno/d 
    --logistic 
    --pheno ../pheno/clean_phe.txt 
    --out result_logistic 
    --allow-no-sex 
    --covar ../covar/plink.eigenvec --hide-covar