1、对单个细胞测序后,将reads对齐并重构为每个细胞的TCR/BCR链。 2、使用参考数据库,例如国际免疫遗传学信息系统(IMGT),对重建的contigs进行相应的V、D、J和恒定基因注释。 3、“contig级”数据可以与“cell级”数据配对,各种工具以不同的方式处理这一数据,实施进一步的质量控制步骤,以保留可供分析的contig和/或细胞,以供进一步分析。 4、一个关键的质量控制步骤是过滤组群,使每个成熟的T细胞/B细胞只有一对有效的tcr / bcr
1、Data preparation 2、Reannotation
3、BCR/TCR clustering and filtering TCR/BCR克隆型是指具有相同(TCR)或相似(BCR)受体的细胞。 4、与单细胞转录组联合分析
空间TCR/BCR-seq方法也正在开发中。
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