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Submit fastq files to SRA

原创
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JJJJack
修改2024-06-29 07:58:00
680
修改2024-06-29 07:58:00
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高通量测序的数据总要上传到公共数据库平台。

原始数据需要上传到SRA, 有processed data的可以上传到GEO。否则就需要上传到SRA dataset。

Troubleshooting了3-4h,终于搞清楚了。

Mac OS terminal:(There is standard introduction in the SRA submission page to guide users how to upload the fastq files through FTP)

代码语言:txt
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New Remote Connection--Secure file transfer--输入User--点击connect---弹出的对话框输入password
cd uploads/...../new_folder
mput *.fq (upload multiple files)
# 由于数据存放在server上,Mac OS terminal上总是无法定位到fastq存放的文件夹,导致始终没法mput所有的文件。
#我采取的办法是将包含fq的文件夹放在mput能访问的路径上。在这里,我mput能访问的是home-user路径下的文件夹。
#于是我将fq的文件夹copy至home-user下,然后 mput ./fq/*.fq*

Windows system: 考虑用git bash 的curl command:

代码语言:bash
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# all commands were ran in git bash terminal under Windows system
username = wangxiaoer
password = 1234567
ftpAdress = ftp-private.xiaoerwang.com
directory = wangxiaoer/new_Folder
cd wangxiaoer/fastq/  #go to the directory where fastq files locate
for file in *; do curl -u $username:$password-T $file ftp://$ftpAdress/$directory/; done  
#transfer all files into the wangxiaoer/new_Folder.
#Attention: 我在用这个方法传fq文件的时候遇到了timeout的问题,fq文件夹里面有80个文件,
#但是传了8个就开始出现timeout的问题,后续的文件我只能通过上述Mac OS terminal的方式解决。
#BTW, git bash的方式传输文件的速度(1min40s/file)比Mac OS terminal方式 (4min40s/file)更快。

欢迎反馈更多的解决方法。

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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