单细胞学习第六天

单细胞数据的二次分群

Seurat里的FindClusters函数设置的resolution数值越大，分群的数量就越多，但是当单细胞数量太多的时候，会遇到resolution再变大，分群的数量也不再增加的情况。一次分群分不开，但又想要细分时，就会需要二次分群，其实就是细胞亚群的分析。

用my_sub提取自己感兴趣的细胞亚群，然后对提取感兴趣的亚群的细胞组成的Seurat对象，后面就是标准流程和可视化了，没有任何区别。

单细胞细胞周期去除

如果读过一些单细胞的文献，应该会经常看到一群名为"cycling cell"的亚群，T细胞、B细胞、上皮细胞等等在分亚群的时候，都可能碰到。实际上，这群细胞只是因为高表达一些与细胞周期相关的基因，才会被单独聚成一群，里面可能包含多种细胞亚群的混合，只要它们处于细胞周期/增殖状态。

当这群细胞占比很少时，可以不做处理；占比较大，或者处于不同细胞周期时间点(G1, S, G2, M)的细胞相互分开，这时就需要消除细胞周期的影响，留下有意义的生物学差异。