单细胞小组第一天D4

1、require和library都是加载R包的意思

第一是require 不报错，让逻辑值显形的办法，加!

as.logical(require(limma))

!require(limma)

(6)循环时必须要加的参数ask，updat，character.only

2、单细胞应用方向广泛，基本上接触到的 都可以用得上

1.Gene Expression Omnibus (GEO): GEO是基因表达数据，竟然还有很多单细胞测序数据。

单细胞的数据就会有“scRNA”和“single cell” 这样的字眼

单细胞测序数据不同格式类型

1. 10X标准文件 （包含barcodes.tsv.gz，features.tsv.gz和matrix.mtx.gz）
2. 表达矩阵文件（csv，tsv，txt）
3. h5格式文件 （.h5）
4. h5ad格式文件（.h5ad）

2.Single Cell Portal: Single Cell Portal是Broad Institute开发的在线平台，提供了丰富的单细胞测序数据资源和分析工具

3.Human Cell Atlas: 人类细胞图谱计划（Human Cell Atlas）是一个国际合作项目，旨在建立人类所有细胞类型的细胞图谱。他们提供了大量的单细胞 RNA 测序数据。

4.Single Cell Expression Atlas: Single Cell Expression Atlas 是由欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）开发的在线数据库。

https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home

5.UCSC Cell Browser: UCSC Cell Browser 是加州大学圣克鲁兹分校（UCSC）开发的在线平台，用于浏览和分析单细胞RNA测序数据。

https://cells.ucsc.edu/