Day6 R包安装和学习

1.镜像设置

镜像网站相当于主网站的副本，访问主网站存在障碍时，访问镜像网站也可。

存放R包的网站位于国外，选择国内的镜像可加快访问速度。

运行这两行代码↓可以搞定

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")

2.安装R包

install.packages("R包名称")

BiocManager::install("R包名称")

3.R包加载

library和require，两个函数均可。使用一个包，是需要先安装再加载，才能使用包里的函数。以“dplyr”为例。

dplyr五个基础函数

1.mutate(),新增列

mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)

2.select(),按列筛选

(1).按列号筛选

(2).按列名筛选

(3).filter()筛选行

(4).arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序

(5).summarise()：汇总

dplyr两个实用技能

1：管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)

2：count统计某列的unique值

dplyr处理关系数据

1.內连inner_join,取交集

2.左连left_join

3.全连full_join

4.半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join

5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join

6.简单合并

在相当于base包里的cbind()函数和rbind()函数;注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数

4.函数和R包该怎么学习

(1) 快速查看函数帮助文档

(2)找R包介绍页面（搜）

(3) Vignettes,就是作者写的网页版教程，不是每个R包都有的，可以运行代码试试看，没有就是没有了。

browseVignettes("limma")