Day 3

Day 3 赛罗

1.conda：Linux软件商店。日常生信miniconda即可

2.安装miniconda

1）清华镜像网站复制链接 定位到biosoft目录，wget 链接（右键粘贴）

2) 运行代码安装

3) 安装成功如下

4）激活后使用

3. 配制conda镜像，提高下载速度

4.使用conda，

1）安装fastqc软件

2）确认fastqc是否安装成功，出现大段文字即成功

5.创建conda新环境，实战中可能要根据不同的目的，选择不同的版本软件。因此，分身很有必要——不同的conda environment

1）conda info --envs 来查看目前的conda环境

2）创建一个新环境，如要处理转录组数据，建议一个名为rna-seq的conda环境，指定python版本为3，安装软件fastqc、trimmomatic

3）创建完后查看环境

4）默认还是base，此时激活新的conda环境

5）退出当前环境