下面是优秀实习生的整理和分享
Q1:要怎么处理呢
A1:安装缺失的那个包即可
Q2:安装完缺失的包,跑library那一列还是很多error
A2:BiocManager::install("GenomeInfoDbData") 安装提示信息里的R包,缺失哪个包报错就用这个命令装对应的包
Q3:重新下载了r语言选了english为啥还是看到中文呀
A3:不用担心哈,应该大部分是英文比如报错提示信息啊,只有少数的中文
Q4:老师,请问M1芯片下载R是不是最好还是选择intel的那个版本?(依稀记得之前选的M1芯片版本装包好像会有问题
A4:是的,用Intel的
Q4:老师好,脚本中用#号标注后,怎么形成 top level 里的目录?
A5:那应该是用的rmarkdown,然后可以形成没有理由
Q6:老师好,这个BiocManager的包一直安装不上,用测试代码download.file可以下载的,切换镜像也没有用
A6:这个报错的可能原因是,你所使用的网络环境,在访问清华镜像的时候存在问题,可以尝试换个网络环境,或者换个镜像源;
# 运行这两句代码设置一下北外镜像
options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor/")
Q7:想问下这样我赋值为什么会输出这种结果
A7:相当于是连续指令,这个指令意思是 x 赋值为 1,再连续输出 5,7,8,所以就只输出 5,7,8 了
Q8:“|”放的位置为啥不行?还是没明白出现“|”时,运算顺序是怎样的
A8:算不出来,所以没什么顺序了,任何代码的顺序都是有嵌套的话就从里到外,没有嵌套就从左到右。
Q9:为dataframe赋值这里为什么= 和 <- 是有区别的嘞?我看help文档里也是用<-赋值
A9:
Q10:请问之前讲从列表取单个元素,想一次取多个应该怎么做呢?好像有点问题
A10:一个中括号
Q11:想问一下上课讲的这个16,-6是咋数出来的
A11:有个函数叫str_locate
Q12:这个怎么解决
A12:GO.db是一个R包,需要装它,仿写你运行的脚本里面BiocManager开头的代码,把引号里面的词换成GO.db就行
Q13:请问使用镜像是什么原因呀?
A13:提高下载速度
Q14:这个BiocManager的包一直安装不上,用测试代码download.file可以下载的,切换镜像也没有用
A14:这个报错的可能原因是,你所使用的网络环境,在访问清华镜像的时候存在问题,可以尝试换个网络环境,或者换个镜像源
# 运行这两句代码设置一下北外镜像
options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor/")
也有可能是网络问题
Q15:想问下这样我赋值为什么会输出这种结果
A15:相当于是连续指令吧,这个指令意思是 x 赋值为 1,再连续输出 5,7,8。加个 c 。
Q16:老师,“|”放的位置为啥不行?
A16:任何代码的顺序都是有嵌套的话就从里到外,没有嵌套就从左到右,
Q17:请问之前讲从列表取单个元素,想一次取多个应该怎么做呢?好像有点问题
A17:一个中括号
Q18:上课讲的这个16,-6是咋数出来的
A18:有个函数叫str_locate
Q19:这个是什么原因呢
A19:代码本身是没有问题的,是不需要修改代码的。你之所以画不出来,其实是因为你的iris被你改动掉了,这个改动重启就可以解决
Q20:这个包怎么都安不上
A20:用这个代码
install.packages("https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/release/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.3.tar.gz",type = 'source',repos = NULL)
Q21:
A21:用哪个都可以的,就是用全部基因更费计算资源,官网用的是所有基因,默认参数是高边基因,所以都可以.
Q22:我们做差异分析时不是说期望数据均为正值吗?我看GSVA分数的差异分析沿用的是基因差异分析的代码,不得其解的是这是怎么实现的?
A22:gsva官方文档就用了limma做差异分析,所以完全是没问题的.富集分数矩阵和基因表达矩阵有异曲同工之妙,limma也不是只能给芯片用
Q23:脚本中用#号标注后,怎么形成 top level 里的目录?
A23:那应该是用的rmarkdown,然后可以形成没有理由
Q24:一开始我下载的r包按照步骤挺好滴,昨晚上课老师说如果是中文可以重新下载一下,最好改到英文,我重新下载之后安装r包就有30个包了,这正常嘛?我看视频上需要二百多个包
A24:正常的
Q25:
A25:这是R包兼容问题,需要安装特定版本的Matrix包,提示信息里有
Q26:为什么老师你在昨天的数据过滤中,要查看开头为MT 的细胞的百分比?“(pbmc,pattern = “^MT-)”, 开头为mt的细胞是什么
A26:MT表示线粒体基因,排除线粒体基因高表达的异常细胞
Q27:
A27:waring提示信息不用在意,主要关注error.
Q28:我的数据是十个亚群,KEGG和ReactomePA及Go出来的有的只有九个亚群或者八个亚群的富集分析,是因为有的亚群富集不到吗?
A29:是
Q30:
A30:版本冲突了。最开始读取矩阵的时候有问题。