R语言里将vcf文件转换为GenAlEx格式数据

GenAlEx 格式

https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/Data_Preparation.html

在这个链接里有介绍

如果有了这个格式的数据可以用R语言的poppr包做主成分分分析。

公众号有读者留言问到如何将vcf格式的数据转换成 genalex格式

我查了一下找到一个链接

https://rdrr.io/github/green-striped-gecko/dartR/man/gl2genalex.html

Converts a genlight object into a format suitable for input to genalex

如何获取 genlight object

找到了一个参考链接

https://cran.r-project.org/web/packages/vcfR/vignettes/converting_data.html

这里需要用到vcfR这个R包

安装这两个R包

加载R包

读取vcf文件进行转换

部分输出结果