Linux学习笔记03-20240517

写在前面

通过笔记的整理，可以说是一次彻底的复习~

输出倒逼输入，通过笔记整理输入，让知识更加有迹可循~

第三部分 Linux的主要学习内容

cat命令

查看文本文件的内容，输出到屏幕，有写入的功能并且可以写完后查看

cat  readme.txt
cat  -n  readme.txt #打印出所有行号
## 写入文件
cat >file
Welcome to Biotrainee() !
^C            ## 这里是按Crtl  C
## 查看
cat file
Welcome to Biotrainee() !

注意，写入文本内容想要结束书写时，需要ctrl+c 才能退出

head、tail命令

默认值是10行

head  -n  2  Data/example.fq #查看该文件前两行的名字
## 查看 .bashrc 的最后 10 行
tail  ~/.bashrc
## 查看第20行
head  -n  20  Data/example.fq | tail -1

管道符 | 前后要加空格

前面的输出作为后面的输入，按照从前往后的运算方式

less 命令 类似文本编辑器

可以查看，记得使用q键退出

wc 命令

统计文本，统计行数，一般与cat一起合用。-l 为统计行数。

cat readme.txt | wc
wc -l readme.txt

小练习-计算两个文件的行数

自己通过重新定位工作目录，然后找出文件，统计了这两个文件的行数，撒花~

cut 命令

-d 制定分隔符，默认是tab空格，用 \t 表示，但不只可以指定标点符号位分隔符，也可指定字母或者数字等字符为分隔符；

-f (字段fields)输出哪几列;

通常搭配文本编辑命令 less使用，只有输入文本，才能处理。

less -S Data/example.gtf | cut -f 1,3-5
less -S Data/example.gtf | cut -d 'h' -f 1

注意，less -S的单行显示，实际运行后呈现按列对齐的模样，符合日常工作，所以一般都会在文本编辑的时候加上 -S。

sort 命令

less -S Data/example.gtf | sort -n -k 4 | less -S

uniq 命令

去除重复行

千万注意！！！ uniq比较懒，只能去除相邻的重复行，因此，一定要跟sortsort（排序功能）一起使用！

paste 命令

文本合并，把两个文件的内容写到一起

tr 命令

字符转换功能

cat readme.txt | tr '\n' '\t' #不懂什么意思？？

复习小结

写在最后

复习和学习一样画时间，但把老师讲的知识内化为自己的才是真的知识~

引用生信技能树-卖萌哥老师的PPTPPT，感恩~~~

加油，进步是最性感的事儿~